Protein–RNA interactions for Protein: Q95604

HLA-C, HLA class I histocompatibility antigen, Cw-17 alpha chain, humanhuman

Predictions only

Length 372 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HLA-CQ95604 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 U2AF1-204ENST00000459639 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 U2AF1L5-204ENST00000623375 1675 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AQP10-201ENST00000324978 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 CCR10-201ENST00000332438 1773 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 LEFTY1-201ENST00000272134 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AC009102.2-201ENST00000606772 1639 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 TFEB-204ENST00000373033 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 GPI-201ENST00000356487 2210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 NRM-201ENST00000259953 1755 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 ADRA1D-201ENST00000379453 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 AC007448.3-201ENST00000585193 689 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 NTF6G-201ENST00000591094 616 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HLA-CQ95604 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 DISC1-224ENST00000639374 1071 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 GNB2-203ENST00000393926 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 LTB4R2-205ENST00000543919 1560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 FSD1-204ENST00000597590 1634 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 ABHD17AP1-201ENST00000358206 933 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 C14orf80-206ENST00000392527 1476 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 C17orf82-201ENST00000623772 1530 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 AC006455.2-201ENST00000429931 906 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 R3HCC1-201ENST00000265806 1773 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 SNAI3-AS1-201ENST00000563261 998 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 TTC3-225ENST00000540756 2025 ntTSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HLA-CQ95604 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 IFNL4-201ENST00000606380 1637 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 IGHV3-20-201ENST00000390606 415 ntAPPRIS P1 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 CAMKMT-202ENST00000402247 665 ntTSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 CASP9-202ENST00000348549 1621 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 ME3-201ENST00000323418 1068 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HLA-CQ95604 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms