Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 STMN4-204ENST00000519997 1623 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 C18orf65-201ENST00000622985 2076 ntTSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 DTX4-201ENST00000227451 5642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CDC42BPB-201ENST00000361246 6758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.95■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 LRP5-201ENST00000294304 5159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CFAP77-202ENST00000393215 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC19.94■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 MMD-201ENST00000262065 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 YAP1-210ENST00000615667 5398 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC19.93■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AKT2-210ENST00000424901 5170 ntTSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 POLR2H-208ENST00000456318 1802 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC19.92■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 MMP24-201ENST00000246186 4414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SLC25A1-202ENST00000451283 1514 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC19.91■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 HSD17B1P1-201ENST00000590052 955 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 TMUB1-203ENST00000462940 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.9■□□□□ 0.78
CCDC54Q8NEL0 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 CARNMT1-201ENST00000376830 1012 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.89■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC19.88■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 HOXA10-206ENST00000613671 2175 ntTSL 5 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 UNC50-204ENST00000409975 2172 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 PTH1R-207ENST00000449590 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.87■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 TTC39A-203ENST00000371747 1876 ntTSL 2 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 PSIP1-202ENST00000380716 1889 ntTSL 5 BASIC19.86■□□□□ 0.77
CCDC54Q8NEL0 LINC01970-201ENST00000581489 1810 ntTSL 1 (best) BASIC19.86■□□□□ 0.77
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47 ms