Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 VSTM2L-201ENST00000373459 831 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 MYL12B-203ENST00000581193 1249 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 RARA-204ENST00000394089 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 TANGO2-207ENST00000420290 1859 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ST3GAL6-AS1-203ENST00000488132 769 ntTSL 3 BASIC24■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 AC137630.3-201ENST00000607245 391 ntBASIC24■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC24■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 USF2-201ENST00000222305 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 LYSMD2-202ENST00000454181 1228 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ST20-MTHFS-201ENST00000479961 859 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 BCL11B-203ENST00000443726 2599 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ABCB10P4-201ENST00000566803 2184 ntBASIC23.99■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 CTDSP2-203ENST00000547701 988 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 RABGGTA-202ENST00000399409 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 NEUROG3-201ENST00000242462 1376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 SLC9A3-201ENST00000264938 2584 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 MCUB-201ENST00000394650 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ADSSL1-201ENST00000330877 1766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 MAP3K5-201ENST00000359015 5197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 RAB11FIP1-203ENST00000522727 1866 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.96■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
HDAC4P56524 ZNF428-201ENST00000300811 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 EPM2A-209ENST00000638262 2679 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 LSM8-203ENST00000422760 1920 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 SERP2-201ENST00000379179 784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 MIR663AHG-227ENST00000608084 765 ntTSL 5 BASIC23.95■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 RNF223-201ENST00000453464 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 FAM21EP-202ENST00000456967 2177 ntTSL 2 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 PPP2R2C-203ENST00000382599 1807 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 C1QL2-201ENST00000272520 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 RBFOX1-206ENST00000535565 1599 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 GIT1-210ENST00000579937 2798 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC23.91■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AC026785.2-201ENST00000511821 867 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 TK2-202ENST00000417693 1046 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 SLC10A4-201ENST00000273861 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
HDAC4P56524 NAAA-204ENST00000507187 1750 ntTSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.2 ms