Protein–RNA interactions for Protein: P34897

SHMT2, Serine hydroxymethyltransferase, mitochondrial, humanhuman

Predictions only

Length 504 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHMT2P34897 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 CCZ1B-201ENST00000316731 2885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 NAXE-202ENST00000368234 901 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 AC090587.2-201ENST00000430222 527 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 SYCE1-204ENST00000432597 1254 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 AC092028.1-203ENST00000608262 953 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 WRNIP1-205ENST00000618555 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 CCNG2-201ENST00000316355 5526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 PFN2-210ENST00000481767 1620 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
SHMT2P34897 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 HMGA2-202ENST00000393577 611 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 IFFO2-203ENST00000455833 6188 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MTNR1B-201ENST00000257068 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CAMK2N2-201ENST00000296238 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 FEZ1-202ENST00000366139 1053 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MDK-202ENST00000395565 951 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 ZNF302-211ENST00000509528 577 ntTSL 4 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 NPAS3-201ENST00000346562 5847 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 PEMT-202ENST00000395781 1050 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 NAA30-203ENST00000555166 1294 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 SAMD4B-208ENST00000598913 2877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 ZCCHC2-201ENST00000269499 5959 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 GFOD1-204ENST00000603223 2388 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 UBALD1-206ENST00000590965 1462 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 RAX-201ENST00000256852 2935 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
SHMT2P34897 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
SHMT2P34897 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 66.5 ms