Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AC113189.4-201ENST00000575331 5553 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 TMEM80-201ENST00000397510 1094 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AC096631.2-201ENST00000436136 790 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 HSF1-204ENST00000528838 2142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SPIRE2-205ENST00000563972 1823 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 CDKN2A-208ENST00000498124 880 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
HOXD3P31249 FAM181A-204ENST00000557000 1652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 HES4-201ENST00000304952 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 TOLLIP-208ENST00000527938 549 ntTSL 4 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CHTF8-208ENST00000522091 863 ntTSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 FEZ2-203ENST00000379245 2097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 ANO8-204ENST00000630631 1905 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC17.74■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CDK9-201ENST00000373264 2463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AP2M1-202ENST00000382456 2091 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.73■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 DGCR6-208ENST00000608842 1837 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CACNA1H-202ENST00000358590 8069 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 BBC3-203ENST00000439096 1838 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AFDN-201ENST00000344191 5249 ntTSL 5 BASIC17.72■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.71■□□□□ 0.43
HOXD3P31249 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC17.7■□□□□ 0.42
HOXD3P31249 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC17.7■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.1 ms