Protein–RNA interactions for Protein: P28356

HOXD9, Homeobox protein Hox-D9, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 352 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD9P28356 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
HOXD9P28356 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CLTB-201ENST00000310418 1215 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CLTB-202ENST00000345807 1161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 HDHD5-203ENST00000399852 1118 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 AC005551.1-201ENST00000641816 493 ntAPPRIS P1 BASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 HLA-L-211ENST00000482052 1765 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.69■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 FAM173A-201ENST00000219535 806 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 C11orf91-201ENST00000379011 811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 AL445237.1-202ENST00000604581 425 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 KRAS-204ENST00000557334 1052 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 PIM3-201ENST00000360612 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CAMK1-201ENST00000256460 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 TAZ-216ENST00000613002 1485 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 ARSB-206ENST00000565165 1772 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 USP25-203ENST00000351097 2158 ntTSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CTAG1B-202ENST00000359887 998 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 PYCR1-202ENST00000337943 1890 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 SDF4-202ENST00000360001 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 BDH1-207ENST00000441275 1605 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.38
HOXD9P28356 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TMC6-218ENST00000591436 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TMEM80-207ENST00000608174 800 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 APBA3-201ENST00000316757 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 RIMKLB-205ENST00000535829 2236 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AL022069.1-201ENST00000568025 1636 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 INPP5J-206ENST00000404453 1613 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 ATP13A2-215ENST00000617114 1723 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 ZNRF1-205ENST00000566250 1069 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 ZNRF1-206ENST00000567962 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SYNGR3-201ENST00000248121 2051 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 ZNF205-202ENST00000382192 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 NAGS-201ENST00000293404 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TMEM98-202ENST00000394642 1683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 MIR17HG-201ENST00000400282 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 NFKBIB-204ENST00000572515 1929 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 FAR2P4-203ENST00000560285 1739 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 AL136090.1-201ENST00000446849 366 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
HOXD9P28356 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.1 ms