Protein–RNA interactions for Protein: P08670

VIM, Vimentin, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VIMP08670 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 RBMXL2-201ENST00000306904 1874 ntAPPRIS P1 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 ANO8-201ENST00000159087 4152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 FKBP1A-210ENST00000614856 562 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 PVT1-212ENST00000521951 1535 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 PROCA1-201ENST00000301039 1566 ntTSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 CCND3-223ENST00000616010 2047 ntTSL 5 BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
VIMP08670 SYT7-202ENST00000535826 1621 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 SHMT1-202ENST00000352886 2437 ntTSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23■■□□□ 1.27
VIMP08670 MEGF6-202ENST00000356575 5455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 LINC02043-201ENST00000419745 1832 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 TEAD1-206ENST00000527636 2544 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 CERS1-205ENST00000623927 2558 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 FAM83D-201ENST00000619304 2475 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 RHOC-202ENST00000339083 1418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
VIMP08670 GALNT8-202ENST00000433855 5977 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 RUFY1-201ENST00000319449 2646 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 AL162393.1-201ENST00000437852 946 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
VIMP08670 ZBED3-201ENST00000255198 6172 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 DENND4B-201ENST00000361217 5706 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 PTRH1-205ENST00000423807 1570 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 GSN-204ENST00000373818 2657 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 UBALD2-201ENST00000327490 1593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
VIMP08670 RFNG-201ENST00000310496 1828 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 HTRA2-201ENST00000258080 2370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 PLEK2-201ENST00000216446 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 DENND1B-204ENST00000367396 2177 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 AL024507.2-201ENST00000606070 2574 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
VIMP08670 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VIMP08670 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VIMP08670 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VIMP08670 GRIK4-205ENST00000527524 5861 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VIMP08670 ICAM5-201ENST00000221980 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
VIMP08670 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
VIMP08670 TMEM121B-201ENST00000331437 4954 ntAPPRIS P3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 LIMS2-202ENST00000355119 2045 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 ARHGEF7-202ENST00000317133 4361 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
VIMP08670 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 CACNB3-205ENST00000547392 2237 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 EPS8L1-202ENST00000245618 2198 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 TBC1D12-201ENST00000225235 5272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
VIMP08670 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.4 ms