Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 POMT1-205ENST00000404875 2821 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.06
USP39Q53GS9 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 STAT6-225ENST00000640254 2037 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DNAJB9-201ENST00000249356 2715 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 VSIG10-202ENST00000359236 4946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PER1-201ENST00000317276 4707 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FLII-221ENST00000578558 2377 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MC1R-202ENST00000555147 3099 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 VSIG2-201ENST00000326621 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SNX21-203ENST00000372541 771 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 C15orf48-202ENST00000396650 732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HSPB1P2-201ENST00000448722 546 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CHL1-AS2-203ENST00000452919 726 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 EIF4HP1-201ENST00000453115 687 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TNNT1-203ENST00000536926 901 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ANAPC15-208ENST00000538393 867 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC016629.1-201ENST00000596579 586 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ENPP7P14-201ENST00000621765 1040 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NRBP1-201ENST00000233557 2887 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TMEM40-202ENST00000314124 2308 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MYLK3-201ENST00000394809 6911 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FBXL12-208ENST00000589626 1920 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CLASP2-203ENST00000359576 7141 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MLKL-202ENST00000308807 2523 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 THEMIS2-202ENST00000373921 2687 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ENDOV-213ENST00000520367 2680 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 UBA5-213ENST00000494238 2997 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SPON1-201ENST00000576479 4837 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ATP2A2-204ENST00000539276 4094 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TBC1D25-201ENST00000376771 4042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RFK-201ENST00000376736 2684 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 WSCD1-201ENST00000317744 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SCN3B-201ENST00000299333 5665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TRIP10-210ENST00000600428 2249 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PABPC4-201ENST00000372856 3016 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 YIPF7-201ENST00000332990 937 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAPK15-203ENST00000395108 765 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 FAM8A4P-201ENST00000435433 1213 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MRPS25-203ENST00000444840 1281 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PRPS2-205ENST00000489404 763 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CATSPERZ-203ENST00000539943 917 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AP000808.2-201ENST00000542410 569 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC007333.1-201ENST00000568286 630 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MIR4313-201ENST00000580760 101 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL451050.2-201ENST00000606967 682 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC007663.3-201ENST00000609632 465 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NECAP2-201ENST00000337132 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LFNG-204ENST00000402045 2058 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ANKMY2-201ENST00000306999 2555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 C1QTNF2-201ENST00000393975 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 C20orf202-201ENST00000400633 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TMED7-TICAM2-202ENST00000333314 3453 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 GSN-206ENST00000394353 2311 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MLPH-204ENST00000410032 2171 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CYB561D1-201ENST00000310611 5009 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 COX6B2-201ENST00000326529 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 IL6ST-209ENST00000502326 3007 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ABCC1-201ENST00000399408 6594 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ABCC1-202ENST00000399410 6552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NEDD1-213ENST00000557644 2367 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RPS19-206ENST00000598742 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HARS-205ENST00000457527 1896 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HOXA3-202ENST00000396352 3263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ALOX12-AS1-201ENST00000399540 1730 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MAGEA2-204ENST00000611674 1728 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 UBE3B-202ENST00000342494 5722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SPATA20-202ENST00000356488 2634 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 TOM1-206ENST00000425375 2252 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LINC02273-201ENST00000499452 1592 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 GPR61-206ENST00000616874 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 NPL-204ENST00000367554 3027 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 HSPA4L-204ENST00000508776 3020 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 SLC5A7-201ENST00000264047 5152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 WIZ-206ENST00000599686 3644 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CRYBA2-202ENST00000392096 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 LIMS4-201ENST00000413601 1215 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AP000320.1-201ENST00000440403 471 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 RN7SL769P-201ENST00000469386 295 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 AC074194.1-201ENST00000505025 622 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
USP39Q53GS9 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43.6 ms