Protein–RNA interactions for Protein: Q07699

SCN1B, Sodium channel subunit beta-1, humanhuman

Predictions only

Length 218 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SCN1BQ07699 MGC16275-201ENST00000499670 2501 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ALX4-201ENST00000329255 5750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LINC01978-202ENST00000574526 1540 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ELP5-201ENST00000354429 1304 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 IRS1-201ENST00000305123 9705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 KRBA2-202ENST00000396267 2562 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 GPC3-202ENST00000394299 2379 ntTSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 GTPBP8-202ENST00000383677 1787 ntTSL 3 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC022028.2-201ENST00000474115 2619 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 SLC35C2-201ENST00000243896 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 IRF9-203ENST00000557894 1391 ntTSL 5 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC007743.1-201ENST00000596663 3075 ntTSL 2 BASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC13.58□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 OPN5-202ENST00000371211 1801 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ITGB3-201ENST00000559488 3995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 OPRL1-203ENST00000355631 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 SLC6A5-202ENST00000525748 7084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PRMT7-203ENST00000449359 2091 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 XPNPEP1-218ENST00000502935 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ENO2-211ENST00000541477 2549 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 TAS1R3-201ENST00000339381 3433 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 NPRL3-212ENST00000620134 3203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 FES-203ENST00000394302 2133 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LILRB5-203ENST00000449561 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 TMEM143-201ENST00000293261 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 POLN-210ENST00000511885 3253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 CDK20-202ENST00000336654 2176 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 TP53I11-222ENST00000616990 3567 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 CLTA-201ENST00000242285 1152 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LTC4S-201ENST00000292596 666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 VSTM1-201ENST00000338372 1023 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PP14571-201ENST00000404327 934 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 NMU-202ENST00000505262 693 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LINC01485-205ENST00000523617 586 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 KRT18P58-201ENST00000527480 1120 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 RPL8-207ENST00000528957 1015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 DYNLL1-204ENST00000548214 616 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 COX5A-206ENST00000568783 571 ntTSL 3 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC008267.7-201ENST00000624570 1194 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 CKMT1B-215ENST00000627381 1074 ntTSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC092902.6-201ENST00000641783 218 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 GMPPA-202ENST00000341142 1524 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 UACA-201ENST00000322954 6939 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC018892.3-201ENST00000623986 2499 ntBASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 FADS2-201ENST00000257261 2964 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ELN-203ENST00000320492 2991 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PEX5L-215ENST00000485199 2992 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ABLIM2-213ENST00000514025 2974 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 CDK16-211ENST00000518022 2022 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PSMD9-207ENST00000541212 2784 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 COL6A1-201ENST00000361866 4238 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 WDR66-201ENST00000288912 4467 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 RAB3IP-202ENST00000362025 2055 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 MAGI2-218ENST00000630991 2349 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 SMYD5-202ENST00000389501 2593 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 TMCC2-201ENST00000329800 2818 ntTSL 2 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PPP4R3B-205ENST00000616288 4310 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 JAKMIP3-201ENST00000298622 6626 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 KCNJ5-203ENST00000533599 1350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 RCAN3-207ENST00000538532 2640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LRRC6-213ENST00000620350 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 DUSP18-204ENST00000403268 2920 ntTSL 1 (best) BASIC13.57□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ZFP2-201ENST00000361362 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PAAF1-205ENST00000535604 1695 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 IGF2-203ENST00000381395 4527 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PPP1R27-202ENST00000570394 1443 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AP4B1-201ENST00000256658 2742 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 DTD2-201ENST00000310850 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 NCOR2-202ENST00000404121 7175 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ARHGAP10-201ENST00000336498 3299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PNPLA6-201ENST00000221249 4617 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 SRPK3-201ENST00000370100 1717 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 C10orf71-201ENST00000374144 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 TNRC18-202ENST00000399434 1459 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PNPLA3-201ENST00000216180 2805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ADAMTS5-201ENST00000284987 9056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 KRT4-204ENST00000551956 2576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 Z82170.1-201ENST00000625081 3192 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 UXT-AS1-201ENST00000590504 1525 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LRCH3-206ENST00000438796 7394 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AC090099.1-203ENST00000527059 2945 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 KRTCAP2-201ENST00000295682 552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 ACP7-201ENST00000331256 2966 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 BAX-203ENST00000354470 433 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 Metazoa_SRP.28-201ENST00000366402 260 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PAXX-201ENST00000371620 812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 NDUFA4L2-201ENST00000393825 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 CBR1-202ENST00000399191 838 ntTSL 3 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 AL022342.1-201ENST00000400363 863 ntBASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 LINC00029-202ENST00000414668 1117 ntTSL 1 (best) BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 NECAP2-208ENST00000504551 768 ntTSL 5 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 SPCS2-202ENST00000526361 772 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
SCN1BQ07699 PLA2G15-209ENST00000566188 1203 ntTSL 2 BASIC13.56□□□□□ -0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48 ms