Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 KCTD2-201ENST00000322444 3635 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ANXA6-215ENST00000523714 2451 ntTSL 2 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SLC35G5-201ENST00000382435 1321 ntAPPRIS P1 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TMEM51-204ENST00000428417 1942 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TBC1D3P5-202ENST00000581469 2513 ntTSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 NR4A1-213ENST00000550082 2029 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PLPPR5-201ENST00000263177 3288 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 OXA1L-201ENST00000285848 1719 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 BTBD8-201ENST00000342818 1412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ATG5-201ENST00000343245 3092 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ASCC2-201ENST00000307790 2793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 RTKN-202ENST00000272430 2142 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 NRBF2-201ENST00000277746 1853 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 HENMT1-202ENST00000370032 1874 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 GABBR1-204ENST00000377016 4299 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ZSWIM4-201ENST00000254323 4339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 CAPN15-201ENST00000219611 4744 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 EHBP1-209ENST00000431489 5076 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TFR2-202ENST00000431692 2631 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 DUS2-207ENST00000565263 2310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TTPAL-203ENST00000372906 1139 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SAPCD1-208ENST00000415669 916 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SLC13A3-205ENST00000417157 876 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AL807761.2-201ENST00000422849 729 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 OR2R1P-201ENST00000441404 914 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 LINC00211-203ENST00000446799 662 ntTSL 3 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 LYPLA2P1-203ENST00000447689 696 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AL355916.2-201ENST00000556543 593 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 EIF5AP2-201ENST00000585668 1047 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AP005264.3-201ENST00000592370 485 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AL022334.2-201ENST00000610000 484 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 KRTAP10-4-203ENST00000622352 1244 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 CASP16P-204ENST00000635032 809 ntBASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TRAK1-208ENST00000484786 2008 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 RAPGEFL1-212ENST00000620260 3855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TAGLN3-201ENST00000273368 1349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ZYG11A-203ENST00000612017 3682 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PITPNB-202ENST00000335272 2926 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 KLHDC8A-201ENST00000367155 2928 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 NDUFB6-203ENST00000379847 1366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 BUD13-201ENST00000260210 2196 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 HNRNPR-212ENST00000606561 1837 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 C3orf67-201ENST00000295966 2650 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ACSF2-202ENST00000427954 2251 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SEPT12-201ENST00000268231 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SNX14-210ENST00000505648 3193 ntTSL 2 BASIC15.75■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 MAP2K6-205ENST00000589647 1512 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 VAC14-202ENST00000536184 2161 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 FAU-202ENST00000434372 533 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AC093484.1-201ENST00000441875 477 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 BX537318.1-201ENST00000608290 1207 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 CHMP1A-201ENST00000397901 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SH3D19-211ENST00000604030 5228 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TIGD5-201ENST00000504548 5390 ntAPPRIS P1 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 SELENOS-201ENST00000398226 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 MEIKIN-205ENST00000616644 1438 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ZC3H14-204ENST00000336693 2007 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 NOP2-222ENST00000617555 2017 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AC109460.1-201ENST00000567209 1478 ntTSL 3 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 RASGEF1C-206ENST00000522500 2055 ntTSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 COL4A3BP-204ENST00000405807 2843 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AL024498.2-201ENST00000480294 1589 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 LINC00513-201ENST00000447430 1616 ntTSL 5 BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 DHODH-201ENST00000219240 2426 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 TAL1-202ENST00000371884 4642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 ADPRHL1-201ENST00000356501 1877 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PLAGL1-208ENST00000437412 2640 ntTSL 1 (best) BASIC15.74■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PDE1C-201ENST00000321453 2898 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 MYOC-201ENST00000037502 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 GRB7-204ENST00000394211 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 EWSR1-204ENST00000333395 1265 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PPA2-204ENST00000354147 667 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 LENEP-202ENST00000392487 555 ntAPPRIS P1 BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 AZGP1P1-202ENST00000425474 1181 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 LAMA4-208ENST00000431543 1080 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
COL4A4P53420 PPA2-205ENST00000432483 859 ntTSL 1 (best) BASIC15.73■□□□□ 0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.7 ms