Protein–RNA interactions for Protein: O75533

SF3B1, Splicing factor 3B subunit 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3B1O75533 SLC5A6-201ENST00000310574 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.08□□□□□ -0.489e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 CUL2-203ENST00000374749 4208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.01□□□□□ -0.494e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 ATP6V0D1-217ENST00000568620 3390 ntTSL 211.88□□□□□ -0.519e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 HPRT1-201ENST00000298556 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.61□□□□□ -0.554e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 SLC11A2-205ENST00000545993 1937 ntTSL 1 (best) BASIC11.6□□□□□ -0.559e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 JUP-201ENST00000310706 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.57□□□□□ -0.564e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 CUL2-202ENST00000374748 4312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.4□□□□□ -0.584e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 JUP-203ENST00000393931 3497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.64e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 PSME3-205ENST00000545225 3082 ntTSL 2 BASIC11.1□□□□□ -0.639e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 PSME3-201ENST00000293362 3144 ntTSL 1 (best) BASIC10.38□□□□□ -0.759e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 SAMD8-204ENST00000542569 6782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.33□□□□□ -0.769e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 CUL2-204ENST00000374751 4233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.26□□□□□ -0.774e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 HDAC3-205ENST00000469550 1952 ntTSL 1 (best)9.82□□□□□ -0.849e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-205ENST00000548766 2193 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC9.66□□□□□ -0.869e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 WDFY2-201ENST00000298125 9321 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.61□□□□□ -0.874e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 JRKL-AS1-201ENST00000511243 426 ntTSL 2 BASIC9.31□□□□□ -0.929e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 HDAC3-202ENST00000459727 524 ntTSL 59.21□□□□□ -0.949e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 SAMD8-201ENST00000372687 6935 ntTSL 1 (best) BASIC8.95□□□□□ -0.989e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-202ENST00000361433 2715 ntTSL 1 (best)8.87□□□□□ -0.999e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 TMOD3-211ENST00000561438 1139 ntTSL 58.83□□□□□ -19e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 SACM1L-205ENST00000441228 2013 ntTSL 28.69□□□□□ -1.029e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 NAPG-202ENST00000580224 1245 ntTSL 28.67□□□□□ -1.029e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 KIAA1324L-201ENST00000394714 3073 ntTSL 58.45□□□□□ -1.069e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 KIAA1324L-203ENST00000416314 3179 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC7.82□□□□□ -1.169e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-204ENST00000547044 2208 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC7.55□□□□□ -1.29e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 TMEM164-205ENST00000461715 711 ntTSL 37.52□□□□□ -1.214e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 SAMD8-203ENST00000447533 919 ntTSL 57.01□□□□□ -1.299e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-203ENST00000536173 2120 ntAPPRIS ALT2 TSL 26.96□□□□□ -1.299e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 SACM1L-206ENST00000445499 583 ntTSL 46.96□□□□□ -1.39e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 NAPG-201ENST00000322897 3548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.85□□□□□ -1.319e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-206ENST00000549437 2544 ntTSL 26.35□□□□□ -1.399e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 RIF1-207ENST00000454583 3552 ntTSL 25.23□□□□□ -1.579e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 DMXL1-210ENST00000511622 761 ntTSL 35.23□□□□□ -1.579e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 CUL2-209ENST00000537177 4271 ntTSL 5 BASIC4.92□□□□□ -1.624e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 TMOD3-207ENST00000560549 1474 ntTSL 1 (best)4.3□□□□□ -1.729e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 EFR3A-208ENST00000637848 2547 ntTSL 5 BASIC4.13□□□□□ -1.759e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-201ENST00000354454 2504 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC4.06□□□□□ -1.769e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 LRMP-221ENST00000636465 4540 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC3.43□□□□□ -1.869e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 EFR3A-202ENST00000519656 5247 ntTSL 1 (best) BASIC3.18□□□□□ -1.99e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 R3HDM1-211ENST00000445855 670 ntTSL 53.17□□□□□ -1.99e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 NR2C1-204ENST00000545833 1305 ntTSL 1 (best)2.97□□□□□ -1.939e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 FAM192A-201ENST00000309137 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.82■□□□□ 0.282e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 FAM192A-212ENST00000566077 1066 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.242e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 FAM192A-218ENST00000567439 1086 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.93□□□□□ -0.182e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 FAM192A-206ENST00000564108 1055 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC9.23□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 AC104170.1-201ENST00000415031 255 ntTSL 311.62□□□□□ -0.554e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 AC104170.1-202ENST00000426017 362 ntTSL 3 BASIC10.45□□□□□ -0.744e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 AES-204ENST00000585782 505 ntTSL 216.11■□□□□ 0.173e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 AES-205ENST00000586003 367 ntTSL 215.97■□□□□ 0.153e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 PRPF38B-201ENST00000370021 3728 ntTSL 1 (best) BASIC10.62□□□□□ -0.713e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 PRPF38B-203ENST00000370025 3693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.2□□□□□ -0.783e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-207ENST00000435198 1056 ntTSL 328.95■■■□□ 2.232e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-202ENST00000349431 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.732e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-210ENST00000464036 1256 ntTSL 325.62■■□□□ 1.692e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.372e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-214ENST00000473215 1028 ntTSL 323.35■■□□□ 1.332e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-208ENST00000450390 2455 ntTSL 522.26■■□□□ 1.152e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-201ENST00000347370 2387 ntTSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.042e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-220ENST00000509720 472 ntTSL 320.82■□□□□ 0.922e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-217ENST00000491779 611 ntTSL 220.7■□□□□ 0.92e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 ACAP3-201ENST00000353662 2280 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.872e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-205ENST00000400930 1021 ntTSL 5 BASIC19.75■□□□□ 0.752e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 UBE2J2-204ENST00000400929 1057 ntTSL 3 BASIC18.93■□□□□ 0.622e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 ACAP3-206ENST00000467278 2725 ntTSL 1 (best)17.71■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 87.9
SF3B1O75533 PPIL2-212ENST00000626352 2625 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.142e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 PPIL2-202ENST00000398831 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.05■□□□□ -02e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 PPIL2-201ENST00000335025 4929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.4□□□□□ -0.432e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 PPIL2-204ENST00000417788 4213 ntTSL 210.36□□□□□ -0.752e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 PPIL2-203ENST00000406385 3875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.83□□□□□ -0.842e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 DDX24-207ENST00000555762 5573 ntTSL 1 (best)11.42□□□□□ -0.583e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 DDX24-202ENST00000544005 2214 ntTSL 2 BASIC9.76□□□□□ -0.853e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 DDX24-211ENST00000640432 2580 ntTSL 5 BASIC8.42□□□□□ -1.063e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 DDX24-205ENST00000555054 2769 ntTSL 5 BASIC8.41□□□□□ -1.063e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 DDX24-209ENST00000621632 5612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.28□□□□□ -1.083e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 DDX24-201ENST00000330836 2738 ntTSL 1 (best) BASIC8.25□□□□□ -1.093e-6■■■■■ 87.8
SF3B1O75533 CABIN1-201ENST00000263119 7222 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.2□□□□□ -0.462e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 CABIN1-203ENST00000398319 7480 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.52e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 CABIN1-204ENST00000405822 6952 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.42□□□□□ -0.582e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 CABIN1-214ENST00000617531 7072 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.16□□□□□ -0.622e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.36■□□□□ 0.211e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 LMF2-201ENST00000216080 2658 ntTSL 2 BASIC15.86■□□□□ 0.131e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 NETO2-202ENST00000562435 7481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.88■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 NETO2-201ENST00000303155 3241 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.36□□□□□ -0.593e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 UGP2-212ENST00000480679 505 ntTSL 522.88■■□□□ 1.252e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 UGP2-217ENST00000484142 553 ntTSL 417.74■□□□□ 0.432e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 ARFIP2-202ENST00000396777 1868 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.43e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 ARFIP2-204ENST00000445086 1300 ntTSL 2 BASIC20.65■□□□□ 0.93e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 ARFIP2-203ENST00000423813 1430 ntTSL 2 BASIC19.05■□□□□ 0.643e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 MIIP-203ENST00000466860 1709 ntTSL 518.61■□□□□ 0.574e-7■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 ARFIP2-201ENST00000254584 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.553e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 ARFIP2-209ENST00000531037 1560 ntTSL 318■□□□□ 0.473e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 ARFIP2-210ENST00000614314 3846 ntTSL 2 BASIC13.32□□□□□ -0.283e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 SDC3-201ENST00000336798 6392 ntTSL 1 (best) BASIC12.74□□□□□ -0.373e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-202ENST00000369751 4437 ntTSL 1 (best)7.74□□□□□ -1.173e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-201ENST00000306270 6054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.31□□□□□ -1.243e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-210ENST00000610980 5195 ntTSL 5 BASIC6.66□□□□□ -1.343e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-205ENST00000503400 5239 ntTSL 1 (best)6.49□□□□□ -1.373e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-206ENST00000503631 3560 ntTSL 1 (best) BASIC5.65□□□□□ -1.513e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-209ENST00000510291 4109 ntTSL 1 (best) BASIC3.6□□□□□ -1.833e-6■■■■■ 87.6
SF3B1O75533 IBTK-207ENST00000505222 5547 ntTSL 1 (best)2.83□□□□□ -1.963e-6■■■■■ 87.6
Retrieved 100 of 46,956 protein–RNA pairs in 1603.9 ms