Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 ZNF618-207ENST00000615615 9289 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NOL4L-211ENST00000621426 6577 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZNF286A-204ENST00000464847 5616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 COCH-202ENST00000396618 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KLK3-202ENST00000360617 1664 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC134312.5-201ENST00000568031 1313 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 INTS14-204ENST00000442903 1863 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ALDH1A2-201ENST00000249750 4098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PLPPR4-202ENST00000370185 5369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NF2-202ENST00000338641 6025 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZNF711-201ENST00000276123 2887 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KAT7-210ENST00000509773 1774 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC006486.2-201ENST00000624246 2199 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HSF5-201ENST00000323777 4094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC006460.2-201ENST00000638173 4744 ntTSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CAPN5-202ENST00000456580 2805 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LCN9-201ENST00000277526 531 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC006487.1-201ENST00000514506 1221 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 EVX1-AS-202ENST00000519050 576 ntTSL 4 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC116456.1-201ENST00000526646 815 ntTSL 3 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 BX927359.1-201ENST00000556073 543 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ACTG1P17-201ENST00000558391 1119 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MIR22HG-212ENST00000577164 931 ntTSL 4 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LCN9-204ENST00000619315 528 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TUBGCP2-204ENST00000417178 4029 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC00593-202ENST00000560853 1483 ntTSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 KIAA1211-203ENST00000504228 4628 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HYAL2-201ENST00000357750 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PCSK2-205ENST00000536609 2275 ntTSL 2 BASIC13.05□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AP000845.1-201ENST00000581677 2131 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SPIDR-201ENST00000297423 3988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 MPC2-202ENST00000367846 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 YTHDC1-202ENST00000355665 3244 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 STYXL1-203ENST00000359697 1374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FBLN7-203ENST00000409450 1394 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TMEM132E-201ENST00000321639 5631 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ADGRB2-202ENST00000373658 5414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC139749.1-202ENST00000617529 3139 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TRIM13-201ENST00000356017 1637 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CLCN7-201ENST00000262318 3717 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SAFB-205ENST00000588852 2842 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 COL4A2-201ENST00000360467 6281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC00900-201ENST00000499809 3322 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 B9D1-201ENST00000261499 908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 EIF4EBP3-201ENST00000310331 691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 NOSIP-201ENST00000339093 1000 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 BEX2-202ENST00000372677 899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 B9D1-203ENST00000395615 805 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 HSPC324-201ENST00000411904 557 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ACTG1P3-201ENST00000431775 1114 ntBASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GTF2H2C-215ENST00000514162 610 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 AP002992.1-201ENST00000527519 491 ntTSL 3 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DBNDD1-206ENST00000568838 993 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ATF5-205ENST00000600336 682 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SPATA21-206ENST00000612240 603 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CCDC90B-213ENST00000529611 1986 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GRM5-205ENST00000455756 7927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 USE1-206ENST00000595101 1776 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GLIDR-204ENST00000638724 1765 ntTSL 5 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CDK19-202ENST00000368911 6246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 LEMD3-201ENST00000308330 4764 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PCDHA13-202ENST00000409494 4884 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SLIT1-201ENST00000266058 7925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 OSBPL5-210ENST00000525498 2733 ntTSL 2 BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CALN1-201ENST00000329008 9243 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TSC22D3-201ENST00000315660 2213 ntTSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 CLEC18C-210ENST00000569347 1970 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 PPM1B-204ENST00000378551 3877 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.04□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 FBXO8-202ENST00000503293 1546 ntTSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 RNF183-201ENST00000297894 1830 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 GPD1L-201ENST00000282541 4060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 SENP5-201ENST00000323460 6308 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
CHD3Q12873 C3orf22-201ENST00000318225 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.03□□□□□ -0.32
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.6 ms