Protein–RNA interactions for Protein: Q9UPQ0

LIMCH1, LIM and calponin homology domains-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,083 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMCH1Q9UPQ0 MKS1-202ENST00000393119 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SPRY4-202ENST00000434127 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGAP6-204ENST00000380718 3632 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ACE-201ENST00000290863 2479 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 HDAC8-202ENST00000373556 704 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NDUFA3-203ENST00000391763 338 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 COLEC11-205ENST00000402922 1134 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 NUS1P3-201ENST00000423502 862 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM176B-202ENST00000429904 1206 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL627443.1-201ENST00000456477 1035 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC106897.1-201ENST00000512874 394 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC233702.7-201ENST00000536958 924 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL390726.5-201ENST00000562942 871 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ARHGEF26-AS1-204ENST00000491862 2598 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FANCG-201ENST00000378643 2631 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AMHR2-202ENST00000379791 1437 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ADAM15-204ENST00000359280 2874 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 GPRC5C-202ENST00000392627 2988 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 IL12A-201ENST00000305579 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TMEM40-204ENST00000435218 1547 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CHRDL1-205ENST00000482160 1537 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ATP5F1-202ENST00000369722 3156 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ABR-228ENST00000574437 3196 ntTSL 5 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TFE3-201ENST00000315869 3415 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC13A5-203ENST00000433363 3435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 OS9-204ENST00000389146 2091 ntTSL 2 BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CCT3-201ENST00000295688 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TPD52L2-202ENST00000346249 2297 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PMM2-201ENST00000268261 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MSTO1-201ENST00000245564 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.86■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 OSBPL5-202ENST00000348039 2798 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 HTR7-203ENST00000371719 3033 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 POMT1-204ENST00000402686 3038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 KIF21A-202ENST00000361961 6601 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM219A-204ENST00000379081 3543 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 IER5-201ENST00000367577 4188 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TKT-201ENST00000296289 1931 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 F2RL1-201ENST00000296677 2914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 IQCE-201ENST00000325979 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SPDYE19P-201ENST00000338590 713 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 POLR3GL-202ENST00000369314 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BARHL2-201ENST00000370445 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZDHHC12-201ENST00000372663 1129 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PIR-201ENST00000380420 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ALK-201ENST00000389048 6220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 KRTAP10-2-201ENST00000391621 1149 ntAPPRIS P1 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ADD1-204ENST00000398123 2361 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MEP1AP4-201ENST00000423244 1087 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RNF123-202ENST00000432042 2670 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TREX1-201ENST00000433541 1105 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL354702.1-201ENST00000442006 1960 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CGB8-201ENST00000448456 882 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RAB5B-202ENST00000448789 1530 ntTSL 2 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL033519.3-201ENST00000450618 595 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TPT1P11-201ENST00000458482 498 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RPL13AP25-201ENST00000484130 612 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC019103.1-201ENST00000503095 272 ntTSL 3 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CTD-2194D22.4-201ENST00000514569 1635 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BCAR3-210ENST00000539242 2114 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RIC8B-209ENST00000549643 571 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 P2RX5-207ENST00000551178 1863 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RRP7BP-205ENST00000566851 833 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 TGFB1I1-214ENST00000567607 1770 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01975-201ENST00000571890 549 ntTSL 4 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 RDM1-224ENST00000619262 1535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ESRP2-202ENST00000473183 3793 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF84-215ENST00000543758 3501 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 E2F6-201ENST00000307236 3317 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SERP1-201ENST00000239944 3171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MALSU1-202ENST00000466681 3044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01230-201ENST00000625222 3017 ntBASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 LINC01184-204ENST00000501702 2977 ntTSL 1 (best) BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PRKAG2-215ENST00000492843 2699 ntTSL 5 BASIC17.85■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 HTR3A-206ENST00000506841 2221 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 DCTN1-203ENST00000409240 4365 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AL591623.1-201ENST00000417786 1960 ntTSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 BBS1-225ENST00000630659 1934 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 INTS11-204ENST00000421495 1868 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 SLC1A5-201ENST00000412532 1750 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ATRNL1-201ENST00000355044 8479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 ZNF785-202ENST00000470110 2867 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FKBPL-201ENST00000375156 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 PNMT-202ENST00000394246 821 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 FAM166B-201ENST00000399742 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC004522.2-201ENST00000456499 680 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC136601.1-201ENST00000521803 666 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC17.84■□□□□ 0.45
LIMCH1Q9UPQ0 AC079336.2-201ENST00000578408 927 ntTSL 3 BASIC17.84■□□□□ 0.45
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 63 ms