Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 SLC51A-201ENST00000296327 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NDRG2-226ENST00000554104 2146 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AL358216.1-201ENST00000451601 1657 ntTSL 1 (best) BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TSKU-205ENST00000612930 2666 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.29■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MBD1-217ENST00000588937 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 IDI2-AS1-201ENST00000420381 672 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AL353637.1-201ENST00000451571 732 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PPP2R1A-209ENST00000477989 444 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC097103.2-201ENST00000504670 602 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ALKBH7-202ENST00000596657 603 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NAP1L6-202ENST00000641404 1222 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HSP90B1-201ENST00000299767 2858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ARV1-201ENST00000310256 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC104667.2-202ENST00000452801 1301 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ZNF219-202ENST00000421093 2908 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AJ011931.1-201ENST00000618749 2492 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 KIAA1614-AS1-201ENST00000415647 1440 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FETUB-207ENST00000450521 1410 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAGED4B-207ENST00000485287 2618 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AIRN-201ENST00000601203 4374 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SPRYD7-201ENST00000361840 3053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PDE1C-202ENST00000396182 2420 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HM13-201ENST00000335574 1809 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CHAF1A-201ENST00000301280 3339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TMUB2-212ENST00000589785 1918 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CRK-202ENST00000398970 3675 ntTSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PRDM5-201ENST00000264808 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CELA3B-201ENST00000337107 897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC026316.1-201ENST00000398900 414 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC116609.2-201ENST00000431542 256 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RN7SL8P-201ENST00000461771 266 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC011773.1-201ENST00000520129 468 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CCNC-217ENST00000523985 958 ntTSL 2 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC090857.1-201ENST00000527400 390 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC007376.2-201ENST00000556271 540 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC027237.1-201ENST00000560942 655 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AP005264.1-201ENST00000586226 733 ntTSL 3 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TTC28-AS1_3.1-201ENST00000615579 181 ntBASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 C12orf76-207ENST00000549724 1302 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 INPP4A-201ENST00000074304 6752 ntTSL 5 BASIC22.28■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 USH1C-207ENST00000527720 2278 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FOXO4-201ENST00000341558 1353 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 REC8-209ENST00000611366 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MIR762HG-203ENST00000570025 1429 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 GDI2-203ENST00000380191 2412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PPP1R18-201ENST00000274853 4599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PPP1R18-205ENST00000615527 4597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 KLC2-203ENST00000394066 2591 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 GRAMD1A-211ENST00000599564 2825 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NEK2-201ENST00000366998 1865 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AP000552.1-203ENST00000416615 1930 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC018442.1-201ENST00000421439 2061 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DIAPH2-202ENST00000355827 3782 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 UPF3B-202ENST00000345865 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TSPO2-201ENST00000373158 718 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FBXO24-204ENST00000465843 957 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC246817.2-203ENST00000517357 569 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC246817.2-202ENST00000519393 564 ntTSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HOXA10-AS-202ENST00000519935 1161 ntTSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 SNRPD2-206ENST00000588301 702 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC005779.2-201ENST00000593083 550 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC092299.1-201ENST00000632679 757 ntBASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 BX005266.2-201ENST00000450704 1549 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FAM45A-201ENST00000361432 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC004805.1-201ENST00000577662 1616 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 NFYA-202ENST00000353205 1660 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TLE3-201ENST00000317509 5207 ntTSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MX1-218ENST00000619682 1980 ntTSL 5 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TM4SF4-201ENST00000305354 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 PLEKHN1-201ENST00000379407 2194 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 UBE2D3-207ENST00000394801 2368 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC091100.1-201ENST00000558424 2354 ntTSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TOM1L2-202ENST00000379504 2418 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.27■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ULK3-201ENST00000440863 2623 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 TERT-202ENST00000334602 3210 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 ELAVL2-208ENST00000544538 3789 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 NRBP2-202ENST00000442628 3587 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 SRPRA-206ENST00000532259 2453 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 M6PR-202ENST00000536844 2305 ntTSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 AC104640.1-201ENST00000562617 2109 ntBASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MSI2-202ENST00000322684 1860 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 POLR1E-202ENST00000377798 1868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
TCOF1Q13428 MRPS17-201ENST00000285298 1845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.8 ms