Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 SNHG21-204ENST00000559366 674 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC138466.4-201ENST00000623965 852 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ARIH2-205ENST00000449376 2278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 PRPF18-202ENST00000378572 1717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 STRN4-202ENST00000391910 3628 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ADSL-201ENST00000216194 1620 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 HSPA1B-201ENST00000375650 2521 ntAPPRIS P1 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 MIB2-217ENST00000504599 3311 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 GALNT14-202ENST00000349752 2733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RBM4B-201ENST00000310046 1840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SLC22A7-202ENST00000372585 2555 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 LETMD1-201ENST00000262055 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 C7orf61-201ENST00000332375 1004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC073869.2-201ENST00000417338 1026 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 LETMD1-203ENST00000418425 2123 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 LINC00686-201ENST00000435412 332 ntTSL 3 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 NME1-NME2-203ENST00000555572 1193 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RN7SL596P-201ENST00000582123 288 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC002044.2-201ENST00000624910 970 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CALU-205ENST00000535011 3210 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RHOT1-201ENST00000333942 3133 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 TBC1D17-202ENST00000535102 2025 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 MBP-204ENST00000382582 2281 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SIX6-201ENST00000327720 2787 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CCDC120-202ENST00000496529 2415 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RRP1-207ENST00000497547 3022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 LINC02021-201ENST00000504808 1608 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 MFNG-202ENST00000416983 2034 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CNTNAP3B-201ENST00000276974 3240 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC138761.4-201ENST00000578881 1514 ntTSL 3 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ZNF454-201ENST00000320129 2332 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CNRIP1-202ENST00000409559 644 ntTSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ERP29P1-201ENST00000442902 706 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ALG1L13P-204ENST00000523017 765 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC068867.1-201ENST00000559855 150 ntBASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CES3-203ENST00000543856 3178 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
CUX1P39880 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CRYL1-201ENST00000298248 1485 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 TNFAIP2-201ENST00000333007 4175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC020763.4-201ENST00000623414 4170 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RAB43-201ENST00000315150 4467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 MINDY4B-201ENST00000465419 1383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 HAGH-202ENST00000397356 2984 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 C2-205ENST00000418949 1658 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 KRT71-201ENST00000267119 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 FOXP3-202ENST00000376199 2274 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SLC1A6-201ENST00000221742 1719 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 MRPL32-201ENST00000223324 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CXCL12-201ENST00000343575 1857 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 PLTP-201ENST00000354050 1731 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ADARB2-AS1-201ENST00000381301 625 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 BCAS2P2-201ENST00000425064 674 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AL731569.1-201ENST00000428940 3058 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RN7SL530P-201ENST00000485097 298 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC091564.6-201ENST00000526633 487 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 API5-208ENST00000531273 1868 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 HIST2H2BF-204ENST00000545683 999 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 TMEM205-210ENST00000588560 840 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 NOP16-211ENST00000621444 954 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 TREX1-206ENST00000629913 945 ntAPPRIS P1 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 GLUD1P2-203ENST00000631118 486 ntTSL 3 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 LMO4-202ENST00000370544 5405 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CIT-219ENST00000612548 1799 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SLC44A1-203ENST00000374724 3088 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SEL1L3-202ENST00000399878 4520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ANXA11-203ENST00000422982 2534 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SH2B1-203ENST00000359285 3033 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 IL3RA-201ENST00000331035 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 EXD3-201ENST00000340951 2872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 TPBG-203ENST00000543496 2881 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 DDOST-201ENST00000375048 2079 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 FGF11-201ENST00000293829 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 SH3KBP1-201ENST00000379697 1944 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 NPFF-201ENST00000267017 592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 CELP-201ENST00000411440 1249 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 THRB-AS1-202ENST00000438096 702 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC084752.1-201ENST00000509766 622 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 MAGEA8-204ENST00000535454 2112 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 DNM1P51-201ENST00000558149 522 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 AC009119.2-201ENST00000561562 723 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ZSCAN10-205ENST00000572548 618 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 RN7SL665P-201ENST00000578793 300 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 KRT33A-201ENST00000007735 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 ZNF568-203ENST00000427117 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 TFAP2A-201ENST00000319516 2035 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 HLA-DQB2-231ENST00000435145 2026 ntBASIC24.58■■□□□ 1.53
CUX1P39880 LINC00200-201ENST00000425630 2434 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
CUX1P39880 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CUX1P39880 RNF187-201ENST00000305943 3017 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC24.58■■□□□ 1.52
CUX1P39880 AC007495.1-201ENST00000501259 2678 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms