Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 REXO1L2P-201ENST00000425429 2069 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CCDC105-201ENST00000292574 1732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MAP1S-201ENST00000324096 3419 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ACOT9-201ENST00000336430 1675 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CNOT9-208ENST00000542068 3259 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MYOZ1-201ENST00000359322 1541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CEP63-212ENST00000513612 2903 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CEMIP-201ENST00000220244 7226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 ASH2L-212ENST00000545394 2808 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 GPER1-201ENST00000297469 2778 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 CSPG4-201ENST00000308508 8290 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 GSTO2-203ENST00000450629 1391 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 MVK-207ENST00000539575 2747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 AL009178.2-201ENST00000597278 2719 ntBASIC14.27□□□□□ -0.12
KLHL28Q9NXS3 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AKIP1-204ENST00000396648 1084 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 METTL26-204ENST00000397665 558 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TOMM22P5-201ENST00000416399 439 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RPL13P2-201ENST00000440687 659 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 STOM-203ENST00000538954 1257 ntTSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ELOF1-205ENST00000589171 743 ntTSL 3 BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ZNF324B-203ENST00000594214 564 ntTSL 2 BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC025181.2-201ENST00000606994 802 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TEX28P1-201ENST00000613479 1221 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TEX28P2-201ENST00000617764 1221 ntBASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CELF1-201ENST00000310513 4583 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MTRF1L-201ENST00000367230 3431 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ST3GAL3-209ENST00000361400 2195 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LAP3-211ENST00000618908 2100 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 WDR25-204ENST00000554175 2055 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 FECH-201ENST00000262093 3853 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PIDD1-202ENST00000411829 2886 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PCDHGA11-201ENST00000398587 4647 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 GPM6A-210ENST00000506894 2614 ntTSL 1 (best) BASIC14.27□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LINC00926-201ENST00000501726 2530 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CASP2-207ENST00000619992 4006 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 USP3-204ENST00000540797 5474 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 DDX56-201ENST00000258772 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RBM46-204ENST00000514866 2315 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PHLDB2-204ENST00000431670 6127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RUNDC1-201ENST00000361677 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AL121723.1-201ENST00000445194 1519 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 IMPACT-201ENST00000284202 3792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 KCNMA1-219ENST00000480683 2963 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RAI2-204ENST00000451717 2224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 GPR84-201ENST00000267015 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC232323.1-201ENST00000540724 2099 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC007326.5-201ENST00000640084 1382 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ADAMTS7P1-201ENST00000613213 4793 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MSL2-201ENST00000309993 4692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 MCM7-202ENST00000343023 1968 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ACE3P-201ENST00000423435 1973 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ZBED1-203ENST00000381223 4510 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 FAM159B-201ENST00000389074 847 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CENPM-206ENST00000407253 818 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 EFHD1-202ENST00000409613 1156 ntTSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 LINC00475-203ENST00000417983 703 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 KRT18P64-201ENST00000434946 1219 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC137894.1-201ENST00000526431 547 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PTHLH-206ENST00000538310 854 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PPHLN1-221ENST00000552761 1095 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC005225.4-201ENST00000557330 545 ntBASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PSMD7-204ENST00000567958 692 ntTSL 3 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 SERF2-217ENST00000630046 862 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 GPR161-202ENST00000367835 2400 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 RALGDS-202ENST00000372050 3634 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 FOXB1-201ENST00000396057 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PDZD3-212ENST00000531114 2996 ntTSL 2 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PUS7-202ENST00000469408 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 KLHL9-201ENST00000359039 5710 ntAPPRIS P1 BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 ZFP41-203ENST00000520584 3284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CLEC18A-201ENST00000288040 2155 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 PRKRIP1-201ENST00000397912 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 TRPV4-201ENST00000261740 3233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 CA10-203ENST00000451037 3189 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.26□□□□□ -0.13
KLHL28Q9NXS3 INF2-203ENST00000392634 4672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.26□□□□□ -0.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 71.8 ms