Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 LINC02076-201ENST00000577684 1871 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 KDSR-201ENST00000326575 1024 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 UQCRQ-203ENST00000378670 839 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 HNRNPA1P41-201ENST00000397777 928 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC019193.1-201ENST00000506678 823 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 TP53AIP1-204ENST00000530777 363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 RBM8B-201ENST00000555532 525 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC242376.1-201ENST00000559033 726 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC005901.1-201ENST00000592766 552 ntTSL 4 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CKMT1B-201ENST00000300283 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SIGLEC7-202ENST00000317643 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CKMT1A-204ENST00000434505 1779 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 PTPN5-202ENST00000396166 2299 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AL157791.1-201ENST00000553667 1699 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 PTBP1-204ENST00000394601 3185 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 TMEM106A-202ENST00000541594 1330 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 FAM181B-201ENST00000329203 3924 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 HOOK1-201ENST00000371208 5857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SLC36A1-207ENST00000520701 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 PTBP1-202ENST00000350092 3069 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 NIT1-203ENST00000368009 1362 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CYP4F22-202ENST00000601005 2445 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 KRTAP19-5-201ENST00000334151 461 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 APRT-201ENST00000378364 947 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC069277.1-202ENST00000414438 761 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CSTF3-202ENST00000431742 715 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC084346.1-201ENST00000520962 528 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 GSKIP-207ENST00000556095 3834 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC009065.3-201ENST00000562027 627 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AL353770.1-201ENST00000614915 403 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 MAP1LC3B-201ENST00000268607 2688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 TNFRSF10C-201ENST00000356864 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 FAM189A2-201ENST00000257515 2423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ZNF581-203ENST00000587252 1324 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ADRB1-201ENST00000369295 2853 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SNAP91-201ENST00000195649 4434 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 TMEM230-201ENST00000202834 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SNAP91-204ENST00000369694 4449 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 RUFY1-204ENST00000437570 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CACFD1-202ENST00000316948 2794 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ZEB1-AS1-208ENST00000607166 2503 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CCDC51-202ENST00000412398 1385 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 MPZL2-202ENST00000438295 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 OR1J1-201ENST00000259357 969 ntAPPRIS P1 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC211486.1-201ENST00000275590 980 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 EDF1-202ENST00000371648 809 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CD300A-204ENST00000392625 1163 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CTBP2P4-201ENST00000513884 920 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 NAA40-206ENST00000542163 1035 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AL132642.1-201ENST00000557646 553 ntTSL 4 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 JMJD8-203ENST00000562824 1015 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC135983.4-201ENST00000564116 1262 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 MAP3K14-AS1-210ENST00000592422 831 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC061992.1-201ENST00000592569 777 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 WT1-AS_6.1-201ENST00000614919 121 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 YRDCP1-201ENST00000621419 643 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CYP1B1-AS1-221ENST00000627172 995 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AGK-211ENST00000629555 2765 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC009093.10-201ENST00000641956 1442 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CENPT-202ENST00000440851 2200 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 FH-201ENST00000366560 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ARMCX6-207ENST00000538627 1758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 STOX1-201ENST00000298596 3377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 ZNF865-201ENST00000568956 4005 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 FLOT2-201ENST00000394906 2756 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SEC24D-202ENST00000419654 2786 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 WDR13-202ENST00000376729 5469 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 PLCB2-202ENST00000456256 4242 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AL136172.1-201ENST00000598590 1394 ntBASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 GGACT-202ENST00000455100 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 CPAMD8-202ENST00000388925 5355 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
TCOF1Q13428 AC026992.2-202ENST00000565312 1934 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 KRT8-205ENST00000546897 1755 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC073347.1-201ENST00000421633 2643 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RHOXF1-201ENST00000217999 769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 ANO1-201ENST00000316296 2118 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 TEX33-202ENST00000402860 986 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 HNRNPA1P27-201ENST00000412087 955 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 LINC01237-201ENST00000415434 573 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 FGFR3P1-201ENST00000449999 601 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 WDR7-208ENST00000589935 544 ntTSL 4 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 AC020922.3-201ENST00000595064 547 ntBASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 DDX39A-201ENST00000242776 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.16
TCOF1Q13428 CDKN2B-AS1-208ENST00000580576 2175 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
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