Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 ELMO3-202ENST00000393997 2531 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 C4orf19-201ENST00000284437 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PLD3-201ENST00000356508 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 LTF-203ENST00000426532 2494 ntTSL 2 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 IGSF9B-206ENST00000533871 5050 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.85■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 CNN1-201ENST00000252456 1633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 LINC01165-201ENST00000445190 1623 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 CARMIL2-201ENST00000334583 4687 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ASAP2-201ENST00000281419 5712 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ANAPC5-201ENST00000261819 2513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 MAGEA2B-202ENST00000370293 1714 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 FGF7P3-202ENST00000640245 1707 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 VRK3-207ENST00000594092 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PPP1R1B-202ENST00000394265 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 GRN-201ENST00000053867 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 MANEAL-201ENST00000329006 1930 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 NDUFA11-202ENST00000418389 2406 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 RN7SKP230-201ENST00000365642 335 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AL627422.1-201ENST00000434104 580 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 MRPL22P1-201ENST00000505398 616 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 SNCB-203ENST00000506696 552 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC008758.6-201ENST00000598753 588 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 IRF3-225ENST00000600022 882 ntTSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 RPS10-207ENST00000621356 784 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 YY1AP1-211ENST00000368340 2927 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ZNF628-201ENST00000391718 3177 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ZFP36-203ENST00000597629 1786 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 EPHX2-209ENST00000521780 2038 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 RBM4B-206ENST00000531036 1646 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 FOXE1-201ENST00000375123 3462 ntAPPRIS P1 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 LINC01107-201ENST00000446979 1975 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 DDX19A-202ENST00000417604 1703 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC046158.3-201ENST00000624947 2558 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 MAGEA8-205ENST00000542674 2084 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 C12orf29-201ENST00000356891 2919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 TMCO5B-204ENST00000529696 1568 ntTSL 2 BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AL138725.1-201ENST00000407347 1314 ntBASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 NCKIPSD-201ENST00000294129 2989 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.84■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ZNF703-201ENST00000331569 3349 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ADCYAP1R1-204ENST00000409489 1761 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 TLK2-201ENST00000326270 3512 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ASGR1-201ENST00000269299 1504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 GNB2-202ENST00000393924 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 MC1R-204ENST00000639847 2567 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 CHRNA5-201ENST00000299565 3623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 HGSNAT-207ENST00000521576 2332 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 DRC3-216ENST00000584166 1953 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 CHIA-204ENST00000369740 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 TMEM208-201ENST00000304800 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 TMEM242-201ENST00000367144 1030 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PMF1-202ENST00000368277 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PRTFDC1-202ENST00000376376 741 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 RPP25L-202ENST00000378959 888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 HPGD-203ENST00000422112 805 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AL157407.1-201ENST00000435784 904 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PTGES3-203ENST00000436399 941 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PUDPP3-201ENST00000445368 636 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC096649.1-201ENST00000449168 497 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC093330.1-206ENST00000582546 812 ntTSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC005041.3-201ENST00000606287 649 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 PRSS45-202ENST00000620911 1041 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 AC096667.1-201ENST00000640078 3465 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ENAH-203ENST00000366843 2758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 ASB3-202ENST00000394717 1734 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.13
COL4A4P53420 CIAPIN1-201ENST00000394391 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 OSER1-201ENST00000255174 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 SLC35G2-201ENST00000393079 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 CDK11B-209ENST00000629312 2496 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 ABHD14B-201ENST00000315877 2236 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 LINC00691-201ENST00000432505 2232 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 BAZ1B-202ENST00000404251 5428 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 SALL3-206ENST00000616649 2958 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 ABTB1-202ENST00000453791 1961 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 KRT8P31-201ENST00000504812 1408 ntBASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 LLGL2-201ENST00000167462 3480 ntTSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 PEF1-201ENST00000373703 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 NKIRAS1-208ENST00000443659 2391 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 AC073264.3-201ENST00000636941 2577 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 STX6-204ENST00000542060 4809 ntTSL 2 BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 PDE8B-204ENST00000342343 2677 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
COL4A4P53420 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.83■□□□□ 0.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 73.9 ms