Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 SLC3A2-208ENST00000536981 1486 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ASB1-201ENST00000264607 6994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FAM168A-204ENST00000450446 1364 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC00334-203ENST00000638500 1377 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DHX30-205ENST00000445061 4065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FRMPD2B-201ENST00000431305 1347 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL360270.3-201ENST00000609118 1348 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RASSF3-202ENST00000336061 1030 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 IDS-203ENST00000428056 1213 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ALG1L13P-204ENST00000523017 765 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC100818.1-201ENST00000524167 563 ntTSL 4 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TMCO5B-205ENST00000530020 894 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ANTXR1-201ENST00000303714 5859 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PHF20L1-220ENST00000622263 3375 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NID1-202ENST00000366595 5412 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SPG7-201ENST00000268704 3076 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SATB1-201ENST00000338745 7810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 COL4A1-204ENST00000543140 2547 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF398-203ENST00000483892 2121 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MTCL1-205ENST00000517570 6009 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RANBP9-201ENST00000011619 3113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AKR1A1-202ENST00000372070 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SOCS7-201ENST00000612932 7857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ADGRB2-206ENST00000398556 4879 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 OARD1-203ENST00000463088 1515 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SGPP1-201ENST00000247225 3312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CYMP-AS1-201ENST00000457402 2351 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF423-206ENST00000563137 4911 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NFATC2-206ENST00000609943 5690 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RUSC1-201ENST00000292254 2163 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PPA2-204ENST00000354147 667 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NCR3-202ENST00000376071 541 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MIR557-201ENST00000385239 98 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 COPS7B-205ENST00000409295 1009 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PPA2-205ENST00000432483 859 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 Metazoa_SRP.100-201ENST00000447610 282 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TP53AIP1-201ENST00000458238 777 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CHCHD2P9-201ENST00000461726 456 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MT1H-202ENST00000569155 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AP005264.3-201ENST00000592370 485 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC01783-202ENST00000614408 828 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 FXYD6-FXYD2-202ENST00000614497 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BX284668.2-205ENST00000619677 828 ntBASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DUSP8-202ENST00000397374 4480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 UGDH-202ENST00000501493 2826 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZFHX2-205ENST00000615307 1972 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PYCR3-201ENST00000220966 2678 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SLC25A23-202ENST00000301454 3425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 BBS2-218ENST00000568104 2623 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ARID1A-205ENST00000457599 6268 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC01215-201ENST00000607746 2592 ntTSL 3 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 STK26-204ENST00000481105 1835 ntTSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RBPJL-201ENST00000343694 2489 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 IQCE-212ENST00000476665 2400 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PDS5A-201ENST00000303538 7176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RASGRP2-201ENST00000354024 2310 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SEC14L4-204ENST00000381982 1603 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SEPT11-206ENST00000505788 2079 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 PROZ-202ENST00000375547 1488 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF133-205ENST00000401790 2642 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 ZNF133-206ENST00000402618 2622 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TRIM24-201ENST00000343526 8410 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 SVOPL-201ENST00000288513 1413 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 VAV2-202ENST00000371851 5101 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C5orf24-202ENST00000394976 5065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AIFM3-203ENST00000405089 2333 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AC009053.1-201ENST00000566802 2320 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LENG8-209ENST00000616932 2825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 LINC01433-201ENST00000419003 697 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL589843.1-201ENST00000423924 425 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL627422.1-201ENST00000434104 580 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AL080250.1-201ENST00000438676 445 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MIR503HG-202ENST00000440570 760 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 AP000358.1-201ENST00000456260 156 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 REEP5-205ENST00000504247 480 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 NSD1-211ENST00000511258 809 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 REEP5-207ENST00000513339 1139 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 EMP2-203ENST00000536829 781 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 CCDC86-203ENST00000545580 697 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 C2orf69P1-201ENST00000563532 1093 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 DHRS7C-202ENST00000571134 984 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 INCA1-203ENST00000575780 1221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 RN7SL596P-201ENST00000582123 288 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 UXT-AS1-202ENST00000591832 565 ntTSL 4 BASIC16.55■□□□□ 0.24
COL6A1P12109 MIR6720-201ENST00000611664 98 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 34.4 ms