Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 CAB39-201ENST00000258418 3826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 GRN-214ENST00000589265 1632 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 LOX-206ENST00000639739 1626 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 THOC5-203ENST00000397872 2676 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CDIP1-206ENST00000563507 1463 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 LANCL2-201ENST00000254770 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AKAP1-201ENST00000314126 2380 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC105206.1-202ENST00000314927 2368 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 BCL2L2-PABPN1-203ENST00000557008 1366 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CDC25B-205ENST00000439880 3096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 NDUFS8-201ENST00000313468 791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 LY6G6C-201ENST00000375819 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 MIR943-201ENST00000401286 94 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ZC3H12D-202ENST00000409948 753 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AL645939.2-201ENST00000427340 991 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 MLF1-206ENST00000471745 1266 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ZIC4-214ENST00000491672 925 ntTSL 4 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC093904.3-201ENST00000492300 368 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AP3S2-204ENST00000558011 738 ntTSL 3 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AL390955.2-201ENST00000603032 514 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC106028.4-201ENST00000614509 607 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC093512.1-201ENST00000617969 520 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 METTL25-201ENST00000248306 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CPSF1-213ENST00000620219 4462 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 NRAS-201ENST00000369535 4449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 FAM219B-201ENST00000357635 3550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 TMEM5-205ENST00000537373 1966 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 STEAP3-202ENST00000393107 1871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 PAX6-202ENST00000379107 2579 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 DLG4-203ENST00000399510 3975 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CYP2R1-207ENST00000532378 1746 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 EGR2-201ENST00000242480 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC026790.1-201ENST00000399760 2941 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 MROH4P-201ENST00000431302 1578 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC073869.1-201ENST00000415574 2762 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 PHRF1-203ENST00000416188 5227 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 C21orf33-202ENST00000348499 1506 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ZNF133-203ENST00000377671 2701 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 OSBP2-209ENST00000438716 2747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 SMTN-201ENST00000333137 3295 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 FBXO22-202ENST00000453211 1486 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CBLC-202ENST00000341505 1441 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC113189.2-201ENST00000575310 1975 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 C17orf80-203ENST00000359042 3645 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ZFPL1-201ENST00000294258 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 USP17L2-201ENST00000333796 1910 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ABCB7-201ENST00000253577 2377 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC009053.1-204ENST00000429810 2355 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 NMU-201ENST00000264218 816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 TMEM120A-203ENST00000439537 1161 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 TARDBPP1-201ENST00000442013 1203 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC020659.2-201ENST00000510176 585 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC009065.5-201ENST00000565937 596 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AJ003147.2-201ENST00000576468 629 ntTSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AL158154.2-201ENST00000585776 2208 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CDK5RAP2-202ENST00000360190 5985 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ERC1-219ENST00000546231 4390 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 NUTM2HP-201ENST00000442076 2498 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AC097359.2-201ENST00000604992 2389 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 PDE4A-209ENST00000592685 2707 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 BMT2-201ENST00000297145 3981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ZBTB2-201ENST00000325144 3090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 AL118506.1-201ENST00000601296 3082 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 SCNN1D-205ENST00000379116 3044 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 DNM2-204ENST00000408974 3013 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 PSME3-203ENST00000541124 3366 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 OTP-201ENST00000306422 3669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 PHKG1-210ENST00000537360 2139 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 CICP11-201ENST00000434745 2827 ntBASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 ACTR10-201ENST00000254286 2419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
BRPF3Q9ULD4 NDUFS2-201ENST00000367993 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 JTB-201ENST00000271843 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NUDT4P1-201ENST00000322209 1206 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RAD18-204ENST00000418463 563 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RAD18-205ENST00000421052 582 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TSSK5P-201ENST00000423978 907 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 PMS2P2-201ENST00000425039 1128 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ARHGAP11B-201ENST00000428041 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 NAGK-205ENST00000443938 1221 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 TMEM44-AS1-203ENST00000453671 1119 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SSBP1-214ENST00000498107 636 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC008406.2-201ENST00000507058 532 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CNOT8-210ENST00000519404 945 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CNOT8-214ENST00000520671 923 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 CNOT8-218ENST00000521583 1151 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC090607.3-202ENST00000558971 383 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC010336.2-201ENST00000564226 506 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AC104985.1-201ENST00000587528 507 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 MZF1-202ENST00000594108 1110 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 SELENOH-206ENST00000622257 1291 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 ZNF451-203ENST00000370706 5268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
BRPF3Q9ULD4 KCTD10-208ENST00000540089 3096 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.7 ms