Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 INTS4P1-203ENST00000641008 3683 ntBASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 INPPL1-213ENST00000541756 4649 ntTSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 STX1B-201ENST00000215095 4697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PPP4R4-201ENST00000304338 3868 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 WDR59-201ENST00000262144 5898 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MYLK2-202ENST00000375994 2956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CNN1-202ENST00000535659 1527 ntTSL 2 BASIC15.33■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PDE7A-203ENST00000401827 3673 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 DNM1-203ENST00000393594 3245 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BCAR1-204ENST00000418647 3387 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PITPNM2-201ENST00000280562 6785 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ARL10-201ENST00000310389 10845 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BAIAP3-202ENST00000397488 4583 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NRP2-203ENST00000357785 2926 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MTHFR-210ENST00000641407 2387 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CD8A-203ENST00000409511 3048 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ARHGEF16-203ENST00000378378 3061 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC018529.2-202ENST00000611482 3087 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PRSS8-201ENST00000317508 1872 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CNKSR2-203ENST00000425654 5668 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NAA60-229ENST00000575076 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GABRG3-208ENST00000615808 10768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 BCL11B-201ENST00000345514 7603 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RWDD3-201ENST00000263893 1078 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MRPL55-202ENST00000336300 722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MRPL55-206ENST00000366732 722 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 UGGT2-202ENST00000376714 1233 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NRSN2-AS1-202ENST00000442637 762 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 VCX3B-204ENST00000453306 868 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC027088.1-201ENST00000557966 1117 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CARHSP1-203ENST00000561530 729 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 RPL23AP53-203ENST00000606975 736 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL844908.2-201ENST00000609461 460 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL691403.2-201ENST00000618460 490 ntBASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 UGGT2-212ENST00000621375 1004 ntTSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CYB561-219ENST00000584031 3200 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NUP50-201ENST00000347635 5233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ANKRD46-205ENST00000520311 3270 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 F8-201ENST00000330287 2620 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 IDH2-201ENST00000330062 2694 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GCK-204ENST00000403799 2729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CTBP1-AS2-205ENST00000578730 2757 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 OTOF-202ENST00000338581 4954 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF397-201ENST00000261333 1419 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF664-202ENST00000392404 4262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LMF1-AS1-202ENST00000569574 1408 ntTSL 3 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ARC-201ENST00000356613 2948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TBX5-203ENST00000405440 2203 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TEAD3-201ENST00000338863 2983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 NOP9-201ENST00000267425 6033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC52A3-202ENST00000381944 3060 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TUBBP5-201ENST00000290377 1563 ntTSL 1 (best) BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 EXD3-203ENST00000465160 1585 ntTSL 2 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SLC16A9-202ENST00000395348 4178 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.32■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MYH7-201ENST00000355349 6087 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 VARS2-211ENST00000541562 3566 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GLG1-203ENST00000447066 3626 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF655-212ENST00000424881 4666 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF586-202ENST00000396150 1977 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ADAM33-206ENST00000617732 1971 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 KDELC2-201ENST00000323468 4312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SF1-209ENST00000433274 2317 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 GPN2-202ENST00000374135 4678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 B4GALT3-213ENST00000622395 2414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 KCNT1-208ENST00000488444 3696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ABCC6-208ENST00000622290 4941 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ABCB8-201ENST00000297504 2487 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 TFF2-201ENST00000291526 737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FCRLB-204ENST00000367946 1152 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PKIG-203ENST00000372887 769 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 HSD17B10-203ENST00000375304 916 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PRORY-201ENST00000382764 878 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SYS1-203ENST00000414310 795 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC093702.1-201ENST00000423433 367 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC092580.3-201ENST00000430932 139 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LINC01160-201ENST00000441004 768 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 PIGZ-204ENST00000443835 675 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FAM86GP-201ENST00000448322 971 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LAMTOR4-206ENST00000473459 720 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF789-211ENST00000493485 556 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC124067.2-201ENST00000521989 510 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 ZNF890P-202ENST00000530367 1156 ntBASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 MPI-209ENST00000564003 1195 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AL031717.1-201ENST00000569670 565 ntTSL 4 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 CUEDC1-207ENST00000577840 875 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 SEC11C-205ENST00000588875 718 ntTSL 2 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 AC004834.1-204ENST00000640670 1055 ntTSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 LRRTM1-201ENST00000295057 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.31■□□□□ 0.04
VPS39Q96JC1 UBE2D4-201ENST00000222402 3974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms