Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 CNOT8-201ENST00000285896 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 RNASE4-203ENST00000555835 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 WNT16-201ENST00000222462 3147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 INPP5B-204ENST00000373026 3230 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 YBEY-202ENST00000339195 890 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 FAM104B-202ENST00000358460 1179 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 YBEY-203ENST00000397691 764 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM176B-206ENST00000492607 1265 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MRNIP-220ENST00000523084 1096 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01515-215ENST00000608678 854 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 APOBEC3H-206ENST00000613677 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SLAIN1-216ENST00000488699 1461 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 DUSP11-201ENST00000272444 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 UBAC2-AS1-201ENST00000426037 1771 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PSMD14-201ENST00000409682 1954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00116-201ENST00000414416 2051 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SLC17A5-201ENST00000355773 3455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 EFCAB2-202ENST00000366522 6167 ntTSL 2 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PATZ1-204ENST00000405309 3711 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CHN2-201ENST00000222792 3530 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 USP43-202ENST00000570475 3500 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 BRAP-201ENST00000327551 1947 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 RPS9-205ENST00000402367 1617 ntTSL 3 BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SPG21-203ENST00000433215 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CD81-201ENST00000263645 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KRT8P22-201ENST00000562317 1415 ntBASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CACNA1I-203ENST00000404898 9892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CYB5R2-204ENST00000524790 1338 ntTSL 1 (best) BASIC17.98■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00884-202ENST00000448892 2680 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LRRC57-202ENST00000397130 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KRT77-201ENST00000341809 3305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CRHBP-201ENST00000274368 1980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 NCOR2-203ENST00000404621 8520 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MTA3-203ENST00000406652 5484 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KLK6-203ENST00000391808 1478 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 RUNX1T1-251ENST00000615601 7372 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GOLGA6L2-201ENST00000312015 1379 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 DDC-202ENST00000380984 1366 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 NME3-201ENST00000219302 1069 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 UCK1-203ENST00000372211 2114 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SDHB-201ENST00000375499 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TEN1-201ENST00000397640 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC067930.5-201ENST00000531730 1173 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ENPP7P5-201ENST00000541031 1031 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 LINC01089-209ENST00000542933 1220 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL391261.2-201ENST00000554907 773 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GCHFR-203ENST00000558670 412 ntTSL 3 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC124283.3-201ENST00000570869 594 ntBASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 DBI-211ENST00000627093 554 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 HIPK3-203ENST00000456517 7399 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 WDR20-205ENST00000424963 2695 ntTSL 5 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 FOXRED1-213ENST00000532125 1825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GPN1-212ENST00000616939 1832 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF586-203ENST00000396154 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKBP1-215ENST00000514566 5394 ntTSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GLMP-214ENST00000614643 1851 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.97■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 DDX55-201ENST00000238146 2654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 RHOXF1P3-203ENST00000640298 2668 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ABR-205ENST00000544583 5595 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 NAALADL1-203ENST00000356632 2118 ntTSL 5 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 SARM1-208ENST00000585482 10309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ATXN7-201ENST00000295900 7224 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 REXO1L4P-201ENST00000605109 1937 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZFY-201ENST00000155093 5239 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 KDM2B-201ENST00000377069 5224 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF286A-218ENST00000583566 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 FAM174A-201ENST00000312637 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPA1P48-201ENST00000562726 1377 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 GSN-215ENST00000545652 2428 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TSFM-201ENST00000323833 1218 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 TEX30-203ENST00000376022 828 ntTSL 2 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 PGGT1B-202ENST00000379615 903 ntTSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 DGCR5-201ENST00000399539 862 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 AL162726.2-201ENST00000438986 1017 ntBASIC17.96■□□□□ 0.47
SYNE3Q6ZMZ3 HMGB2-203ENST00000446922 1175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.96■□□□□ 0.47
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 52.1 ms