Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 GJB1-203ENST00000374029 1587 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 TEX264-201ENST00000341333 1340 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PAX5-214ENST00000523241 1342 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PUS1-208ENST00000542167 2151 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 TMEM189-UBE2V1-201ENST00000341698 2757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 LRIT1-201ENST00000372105 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 NCBP2-206ENST00000447325 2216 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 MTMR9-202ENST00000526292 1960 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 GPSM3-209ENST00000487761 1460 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 HCN1-202ENST00000634658 4738 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 DNAAF1-201ENST00000378553 2379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 PARD3B-206ENST00000462231 2968 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CDK11B-207ENST00000626918 2457 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 CDK11B-208ENST00000629289 2490 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CUX1P39880 TMEM132D-AS2-201ENST00000542578 1568 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC091230.1-202ENST00000564823 5356 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 U2AF1L4-201ENST00000292879 729 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HFE-201ENST00000309234 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TNNT2-214ENST00000458432 1182 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC003982.2-201ENST00000536933 365 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LFNG-205ENST00000402506 2268 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TBC1D1-219ENST00000615497 2383 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PCSK6-214ENST00000611716 4409 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PAK4-202ENST00000358301 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 C18orf15-201ENST00000623680 2534 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SH2B3-201ENST00000341259 5406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ODF2L-204ENST00000370566 2155 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TMPRSS4-211ENST00000522307 1634 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PCBP2-215ENST00000549863 1619 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TNF-208ENST00000449264 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TNNT2-203ENST00000367315 1083 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 INS-IGF2-202ENST00000397270 828 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LINC00441-201ENST00000433480 1143 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC114488.1-201ENST00000435872 591 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PPOX-204ENST00000462866 473 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ALG1L6P-201ENST00000515248 758 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 IGHVIII-5-2-201ENST00000522505 261 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 POLD4-206ENST00000530584 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PTGR1-209ENST00000538962 1200 ntTSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC012645.2-201ENST00000566190 553 ntTSL 4 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 NR3C1-209ENST00000503201 2594 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CUX1P39880 G6PD-201ENST00000369620 1799 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AL391005.1-201ENST00000623953 2435 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RPL13-204ENST00000452368 1455 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CYP27B1-201ENST00000228606 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SLC35G3-201ENST00000297307 2004 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ZNF165-201ENST00000377325 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 XKR9-203ENST00000520030 1799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 C21orf58-201ENST00000291691 2975 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TAPBP-233ENST00000426633 1888 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 LY86-201ENST00000230568 559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PPM1N-201ENST00000396735 895 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 NUPL2-202ENST00000410002 680 ntTSL 2 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AL009181.1-201ENST00000418471 1085 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC005392.1-201ENST00000419624 500 ntTSL 5 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 MIR503HG-202ENST00000440570 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ST13P19-201ENST00000442505 1124 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PPM1N-208ENST00000456399 618 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC125603.3-201ENST00000550742 486 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CR383656.3-201ENST00000551315 183 ntBASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TSHR-205ENST00000554263 1184 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TSHR-206ENST00000554435 1089 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC011481.2-201ENST00000585408 426 ntTSL 3 BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RNF112-201ENST00000461366 3212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FAM69C-202ENST00000400291 1329 ntTSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DLGAP4-204ENST00000373913 5056 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CUX1P39880 GAS7-213ENST00000580865 2417 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 CNTNAP2-225ENST00000639247 2064 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC004973.1-201ENST00000413240 635 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC004837.1-201ENST00000446267 564 ntBASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC084030.1-201ENST00000455068 561 ntTSL 4 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 RTN4RL2-203ENST00000533205 637 ntTSL 3 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC107871.2-202ENST00000563057 396 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC020636.2-201ENST00000569170 1189 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FUT7-201ENST00000314412 2584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SCYL1-206ENST00000525364 2584 ntTSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 DNAJA3-201ENST00000262375 2763 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 BET1L-201ENST00000325147 2916 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ECSIT-201ENST00000252440 1501 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 COL4A2-AS2-201ENST00000458403 1522 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 TP53BP2-201ENST00000343537 4651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 PORCN-204ENST00000361988 1672 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 SLC8B1-202ENST00000546737 1656 ntTSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 ZNF746-202ENST00000458143 3797 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 GK-204ENST00000378945 2063 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 HNRNPF-201ENST00000337970 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC004835.1-201ENST00000428222 2907 ntTSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 AC079328.2-201ENST00000561241 3354 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CUX1P39880 FAM69C-201ENST00000343998 3671 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.73■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 81.6 ms