Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 SCLY-202ENST00000409736 1774 ntTSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CD2BP2-203ENST00000569466 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZC3H4-201ENST00000253048 6119 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RNF145-212ENST00000611185 3624 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL139400.1-201ENST00000366220 510 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLBP-205ENST00000488267 987 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 APBB2-208ENST00000504305 1274 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC069120.2-201ENST00000524091 540 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TMEM120B-206ENST00000540377 962 ntTSL 3 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL136531.2-202ENST00000617804 573 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SFT2D2-204ENST00000630869 1073 ntTSL 4 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RAB34-223ENST00000636154 730 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 OXTR-201ENST00000316793 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AP4M1-205ENST00000422582 1814 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC26A10-201ENST00000320442 2389 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 BTBD11-204ENST00000420571 3478 ntTSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 EEF1AKMT3-201ENST00000300209 2563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC138969.3-201ENST00000546612 1459 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC138932.2-201ENST00000548268 1459 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC126755.4-201ENST00000549796 1459 ntBASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TRIM25-201ENST00000316881 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PPP2R5C-204ENST00000422945 4481 ntTSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PVR-202ENST00000344956 3166 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RET-201ENST00000340058 4149 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SAFB-202ENST00000454510 2650 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DUSP26-203ENST00000523956 1373 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CTSB-219ENST00000530640 1389 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC011899.2-202ENST00000438047 4302 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 EXOC6B-209ENST00000634650 2583 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PPFIBP1-216ENST00000545334 2805 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KIF26B-202ENST00000407071 7287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C5orf38-207ENST00000515640 1441 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ADGRG2-207ENST00000379869 4768 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PTGES3L-AARSD1-202ENST00000409103 1670 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PIP5KL1-201ENST00000300432 1104 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TMEM179B-201ENST00000333449 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CIB3-202ENST00000379859 467 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RETN-202ENST00000381324 249 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 BAD-202ENST00000394531 631 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 VAMP1-202ENST00000396308 1113 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 WRB-204ENST00000398753 699 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LINC02558-202ENST00000436395 298 ntTSL 5 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KLF2P3-201ENST00000451977 1087 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC067863.1-201ENST00000494933 530 ntBASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 LY6E-204ENST00000519546 971 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 BAD-207ENST00000544785 525 ntTSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CMTM3-205ENST00000562707 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC012617.1-203ENST00000590845 439 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CATSPER4-202ENST00000456354 1912 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PUS1-202ENST00000376649 4094 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC32A1-201ENST00000217420 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZCCHC17-202ENST00000373714 1730 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 UBL7-209ENST00000567435 1720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 WASH2P-202ENST00000538033 2800 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ACP5-202ENST00000412435 1527 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KIF17-201ENST00000247986 3969 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL583722.1-201ENST00000540171 1307 ntTSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RAD51C-215ENST00000583539 1319 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HEATR3-201ENST00000299192 3560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HELZ2-204ENST00000467148 8064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC15.36■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PIKFYVE-202ENST00000308862 1640 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 B4GALNT1-201ENST00000341156 3036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TPD52-201ENST00000379096 4041 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 JPH4-201ENST00000356300 4278 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZNF664-204ENST00000538932 4321 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C16orf52-202ENST00000542527 4360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MVB12B-206ENST00000489637 2666 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C5orf30-202ENST00000510890 2933 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CRYM-201ENST00000219599 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC090286.1-201ENST00000354432 1489 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 OSMR-201ENST00000274276 5539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZNF524-201ENST00000301073 1102 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TRA2B-202ENST00000342294 288 ntTSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC107890.1-201ENST00000422478 521 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 OST4-203ENST00000456793 561 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC119403.1-201ENST00000520090 776 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC027369.6-201ENST00000525520 931 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC008750.1-201ENST00000532473 492 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AP000721.1-201ENST00000535431 559 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TRMT112-206ENST00000544844 1106 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TMEM263-206ENST00000550344 925 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC140878.1-201ENST00000565277 250 ntBASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC016168.1-201ENST00000591422 722 ntTSL 3 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 WDR33-201ENST00000322313 9471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SYT17-201ENST00000355377 3081 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PPP1CB-203ENST00000395366 4893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DLX6-202ENST00000518156 2304 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PDIA4-201ENST00000286091 2903 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AMT-204ENST00000427987 1646 ntTSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 OSBPL3-201ENST00000313367 6760 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.35■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C19orf57-201ENST00000346736 2489 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC15.35■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.9 ms