Protein–RNA interactions for Protein: Q96JC1

VPS39, Vam6/Vps39-like protein, humanhuman

Predictions only

Length 886 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS39Q96JC1 PLEKHD1-201ENST00000322564 4865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AKT1S1-205ENST00000391833 3640 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RAB5C-201ENST00000346213 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SPEG-205ENST00000396698 3379 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ATP8B3-201ENST00000310127 5095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC16A1-207ENST00000538576 4374 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PAPOLA-201ENST00000216277 4519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SRP19-201ENST00000282999 937 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CA4-201ENST00000300900 1154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NUDT1-205ENST00000397048 783 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MIR1233-2-201ENST00000408138 82 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MIR1233-1-201ENST00000408722 82 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL669970.3-201ENST00000435284 428 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC092910.3-202ENST00000469070 982 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SDHAP3-202ENST00000515467 728 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CYB561D1-209ENST00000533024 913 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZNF606-202ENST00000546715 636 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MAPKAPK5-203ENST00000547305 494 ntTSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KRT73-AS1-202ENST00000551089 563 ntTSL 4 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC087612.1-201ENST00000560238 658 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CEMP1-201ENST00000565480 519 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC010615.2-202ENST00000597444 832 ntTSL 3 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC073592.8-201ENST00000624126 511 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL109936.8-201ENST00000641772 604 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FLI1-205ENST00000527786 4127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MOCS3-201ENST00000244051 5106 ntAPPRIS P1 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PTK7-210ENST00000471863 2412 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL590132.1-202ENST00000638983 4184 ntTSL 5 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL359258.3-201ENST00000622910 2331 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RASGEF1A-204ENST00000395810 3235 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FKBP5-203ENST00000539068 3827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PRPS2-203ENST00000398491 1348 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 EHF-210ENST00000531794 1481 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 UBL7-AS1-203ENST00000564621 1612 ntTSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC005089.1-201ENST00000619486 2241 ntBASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FUCA2-201ENST00000002165 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MCHR2-201ENST00000281806 2368 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TSEN2-201ENST00000284995 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.39■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CYP4F11-203ENST00000402119 3161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FBXO46-201ENST00000317683 3001 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 STAT1-203ENST00000392323 2723 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC058822.1-201ENST00000507166 2550 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SPPL2B-207ENST00000610743 2583 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC123912.2-201ENST00000594927 2409 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC005912.2-201ENST00000619492 2400 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MAGEA9-201ENST00000243314 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PMP22-201ENST00000312280 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TM4SF19-AS1-203ENST00000452051 1829 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FARS2-202ENST00000324331 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 THEMIS2-203ENST00000373925 1650 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PTGES3-202ENST00000414274 1547 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PIK3IP1-201ENST00000215912 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 WWC2-201ENST00000403733 8826 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GLUL-202ENST00000331872 4364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TMEM132E-203ENST00000631683 4379 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KRT20-201ENST00000167588 1737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 SLC4A9-203ENST00000506545 2838 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ARSE-206ENST00000545496 2506 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ACTL9-201ENST00000324436 1426 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 RPL18A-201ENST00000222247 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PSMG3-201ENST00000252329 1007 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PSMB9-207ENST00000374859 782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PSMB9-208ENST00000395330 792 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AP001062.3-201ENST00000422357 704 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC026202.2-201ENST00000439325 672 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL391845.1-202ENST00000449154 437 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DNAJB3-202ENST00000449667 1266 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 METTL6-204ENST00000450816 1221 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NECAP2-203ENST00000457722 935 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC125807.1-201ENST00000483097 614 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC025183.1-201ENST00000506335 425 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AP000943.3-201ENST00000536540 954 ntTSL 3 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AL162231.3-201ENST00000556278 902 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 UBE2Q2L-201ENST00000558195 498 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC004449.1-201ENST00000564240 433 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 C1QTNF1-212ENST00000583904 1129 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC087645.2-202ENST00000586583 643 ntTSL 4 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 EBAG9-209ENST00000614147 1179 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GRIFIN-202ENST00000614228 461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 USP37-202ENST00000338465 1771 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 HSPB7-202ENST00000375718 2415 ntTSL 2 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PRR23C-201ENST00000413199 2791 ntAPPRIS P1 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 PTPRU-204ENST00000428026 5550 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 TBXAS1-208ENST00000448866 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZDHHC19-201ENST00000296326 1306 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 DDX49-201ENST00000247003 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 NEK11-205ENST00000507910 1841 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 AC140479.7-201ENST00000636301 2332 ntBASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 YTHDF3-205ENST00000539294 5163 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZBED1-202ENST00000381222 4507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 FGD2-201ENST00000274963 3046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 BAIAP3-216ENST00000628027 4732 ntTSL 5 BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 MOG-215ENST00000376888 1529 ntTSL 1 (best) BASIC15.38■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 GTF2IRD1-201ENST00000265755 3430 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 IGDCC3-201ENST00000327987 4479 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 ZNF618-201ENST00000288466 9109 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 KNDC1-201ENST00000304613 6793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
VPS39Q96JC1 EFNB1-201ENST00000204961 3314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.37■□□□□ 0.05
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 60.5 ms