Protein–RNA interactions for Protein: Q13428

TCOF1, Treacle protein, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 1,488 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TCOF1Q13428 HDDC2-204ENST00000608295 879 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL157813.1-201ENST00000612996 587 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RN7SL736P-201ENST00000613111 269 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC011491.1-203ENST00000637688 543 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC079325.2-202ENST00000641031 462 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MYO9A-214ENST00000566885 5111 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 BRMS1-201ENST00000359957 1445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MBD1-203ENST00000339998 2956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MRPL49-201ENST00000279242 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ZNF385A-201ENST00000338010 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ISCA2P1-201ENST00000425548 448 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SZRD1-203ENST00000471507 892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GUSBP1-202ENST00000508260 1012 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL049795.2-201ENST00000515055 667 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CNKSR1-214ENST00000531191 2673 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL135838.1-202ENST00000556411 441 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PAM16-211ENST00000575848 518 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PAM16-214ENST00000576217 493 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RNF157-AS1-204ENST00000590137 1812 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC091544.8-201ENST00000619490 361 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ASAH1-249ENST00000637528 2215 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CASR-204ENST00000638421 5088 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL805961.1-203ENST00000641078 1258 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SORCS3-201ENST00000369699 5530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TMEM25-206ENST00000442938 2228 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PDE9A-208ENST00000398225 1963 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 LRFN1-201ENST00000248668 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CROT-201ENST00000331536 3175 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GUCY1B3-206ENST00000507146 2709 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 C7orf31-201ENST00000283905 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AP000696.1-201ENST00000457669 1133 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC116345.2-201ENST00000512837 523 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 LY6E-208ENST00000520531 490 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CCDC197-205ENST00000636493 1279 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ARFGAP1-210ENST00000519273 3176 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NOTO-201ENST00000398468 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SMAP1-202ENST00000370452 2491 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ZCCHC24-202ENST00000372336 4933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NIPA2-201ENST00000337451 3233 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 HAUS3-204ENST00000506763 3166 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FXYD5-201ENST00000342879 1580 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 HTR3A-203ENST00000375498 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FOS-201ENST00000303562 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FAM109A-203ENST00000547838 2846 ntAPPRIS P3 TSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 KAT5-202ENST00000352980 2059 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FIGNL2-201ENST00000564840 4693 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 YARS-201ENST00000373477 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RAB40AL-201ENST00000218249 1029 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 C6orf52-201ENST00000259983 619 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 COMMD4-201ENST00000267935 1067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 COMMD4-202ENST00000338995 722 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RAB36-202ENST00000341989 936 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 VPS29-201ENST00000360579 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 DMAC2-203ENST00000417807 1065 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 RN7SL181P-201ENST00000462921 277 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 LINC02046-201ENST00000469812 378 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 UBXN1-214ENST00000533000 367 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FKBP11-212ENST00000552878 1052 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL161670.2-201ENST00000557650 1227 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 COMMD4-211ENST00000564815 639 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CMTM3-215ENST00000568477 687 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NPIPB11-202ENST00000614927 1216 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL031665.1-201ENST00000619766 572 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SNX5-202ENST00000377768 2288 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MBD1-211ENST00000585595 2179 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NTM-205ENST00000425719 1607 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 HHEX-202ENST00000472590 1605 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FP565260.6-204ENST00000620528 1640 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SMARCE1-205ENST00000431889 1569 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CIAPIN1-213ENST00000569370 1559 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 TOM1L2-205ENST00000478943 2098 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AL121757.1-201ENST00000430097 1836 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 KLK3-216ENST00000617027 1341 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FLAD1-201ENST00000292180 2160 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FUT3-209ENST00000589918 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 PLCXD2-204ENST00000477665 1721 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ALG1L-201ENST00000340333 805 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 CELA2B-201ENST00000375910 923 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 NRM-202ENST00000376420 1228 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 GSTK1-202ENST00000409500 888 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SCARNA21-201ENST00000517026 139 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ATP6V1D-206ENST00000554236 888 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 AC073352.2-201ENST00000609385 439 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 ALG1L-202ENST00000611639 701 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 MAPK8IP2-202ENST00000329492 3381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 FAM104A-202ENST00000405159 2865 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 SLCO6A1-207ENST00000513675 1611 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 KSR1-201ENST00000268763 2806 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
TCOF1Q13428 KHK-201ENST00000260598 2397 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
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