Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CAMK2B-206ENST00000353625 1624 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.71■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SDC4-201ENST00000372733 2613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 B3GNTL1-211ENST00000576599 1787 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AMT-239ENST00000636865 1914 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PAF1-201ENST00000221265 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ETV5-206ENST00000434744 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TMEM198B-203ENST00000482378 2230 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TMPO-AS1-202ENST00000548760 3357 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZNF815P-201ENST00000421890 1352 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAP4K4-204ENST00000350198 7316 ntTSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ENDOU-203ENST00000545824 1513 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 STK40-202ENST00000373129 3846 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ETV2-201ENST00000379023 926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAPK7-204ENST00000395604 3077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TREML1-202ENST00000426005 981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 IGHV4-4-201ENST00000455737 417 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ADIG-204ENST00000537425 770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 RERG-205ENST00000537647 935 ntTSL 2 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ERH-203ENST00000557016 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL132994.2-201ENST00000603120 687 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC090164.2-201ENST00000611487 516 ntBASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SLC19A2-202ENST00000367804 2976 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SEMA3B-212ENST00000616701 2958 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 BTC-201ENST00000395743 2816 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZNF382-202ENST00000423582 2657 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GK2-201ENST00000358842 1942 ntAPPRIS P1 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CRHR2-202ENST00000348438 1600 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 DIP2A-205ENST00000466639 2711 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 INA-201ENST00000369849 3231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ADHFE1-203ENST00000396623 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 CSGALNACT1-211ENST00000522854 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LCORL-201ENST00000326877 5604 ntTSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 RASD2-201ENST00000216127 3412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.7■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 RSPO1-202ENST00000401068 2320 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FLYWCH1-203ENST00000416288 4963 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 DPP6-202ENST00000377770 3710 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PSMD13-203ENST00000431206 1591 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PPP1CB-202ENST00000358506 4771 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SLC4A3-204ENST00000373760 4134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 NRSN2-201ENST00000382285 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MIR769-201ENST00000390225 118 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LIMS1-206ENST00000414829 439 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL121901.1-201ENST00000419613 366 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL391361.3-201ENST00000420601 379 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL139010.1-202ENST00000452528 1041 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KLK11-204ENST00000453757 1174 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LIMS3-205ENST00000487150 782 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 IFITM1-204ENST00000528780 730 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC110285.1-205ENST00000572301 559 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 TVP23C-210ENST00000584811 2989 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZNF586-206ENST00000599802 581 ntTSL 3 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 C20orf141-202ENST00000603872 580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZNFX1-AS1_1.1-201ENST00000615787 198 ntBASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KIAA1549-201ENST00000422774 6283 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 WFIKKN2-202ENST00000426127 2193 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MAP4K3-202ENST00000341681 4271 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MPIG6B-204ENST00000375809 2396 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL162457.1-201ENST00000317652 2000 ntTSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 THOC6-207ENST00000574549 1300 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 FBXO5-202ENST00000367241 2221 ntTSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MXI1-202ENST00000332674 3470 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ZMYND15-201ENST00000269289 2448 ntTSL 5 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SF3B4-201ENST00000271628 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SNX27-203ENST00000368843 7197 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ELFN1-202ENST00000561626 3742 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.69■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 IL6R-202ENST00000368485 5914 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ILF3-203ENST00000449870 6119 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PEPD-201ENST00000244137 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PACSIN2-204ENST00000403744 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SIN3B-206ENST00000595541 2767 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 DDIAS-203ENST00000525361 1830 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 YWHAE-208ENST00000571732 1818 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 PRKAG3-206ENST00000529249 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 SF3B5-201ENST00000367569 693 ntAPPRIS P1 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GTF2A2-205ENST00000396064 633 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 MIR663AHG-201ENST00000427348 1213 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 VAMP8-203ENST00000432071 664 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC011742.3-201ENST00000439053 820 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 GTF2A2-208ENST00000484743 408 ntTSL 2 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC125604.1-201ENST00000496255 707 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC239802.2-201ENST00000532137 554 ntTSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC105129.2-201ENST00000559536 390 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC023824.4-202ENST00000569557 849 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 KLK3-207ENST00000595952 969 ntTSL 3 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC063977.3-201ENST00000597569 547 ntTSL 4 BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AL136295.7-201ENST00000619226 1200 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 AC027601.3-201ENST00000622907 509 ntBASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 LINC01669-205ENST00000624561 713 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 NR1H3-203ENST00000405853 1480 ntTSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 NAP1L1-202ENST00000393263 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
TRIM28Q13263 ETNPPL-201ENST00000296486 2099 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.68■□□□□ 0.58
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