Protein–RNA interactions for Protein: Q12824

SMARCB1, SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1, humanhuman

Predictions only

Length 385 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMARCB1Q12824 HECTD1-201ENST00000399332 9134 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 KHNYN-202ENST00000553935 3359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 TSC2-202ENST00000350773 5532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CLCN7-202ENST00000382745 4720 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MICALL2-201ENST00000297508 3121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PCNP-201ENST00000265260 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PDGFA-203ENST00000402802 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ADGRA1-AS1-201ENST00000366099 3236 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PTPN20-206ENST00000395722 1995 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 FUK-207ENST00000571514 3054 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ATP6V0D1-201ENST00000290949 1716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SLC47A1-203ENST00000436810 1719 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CRABP1-201ENST00000299529 772 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AL589986.1-201ENST00000429230 789 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ATP6V0CP2-201ENST00000469409 207 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CDC23-208ENST00000505120 455 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ANAPC13-205ENST00000511751 896 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 NOP2-211ENST00000540228 668 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 IGHV3OR16-9-202ENST00000558425 288 ntAPPRIS ALT2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AP005329.1-201ENST00000578800 1035 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AC011447.3-204ENST00000585498 883 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AC073413.1-201ENST00000603927 732 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AL022328.3-201ENST00000607943 679 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PRKN-211ENST00000615065 261 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CAMK2D-207ENST00000505990 1802 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 FAM180B-201ENST00000538490 1388 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MLEC-201ENST00000228506 6626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 KIF22-208ENST00000569382 2020 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ARFIP1-204ENST00000429148 1599 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ZNF398-205ENST00000491174 2232 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SREBF1-201ENST00000261646 4178 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 GABRB3-215ENST00000622697 5876 ntTSL 5 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AC112693.3-201ENST00000624819 1983 ntBASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SERTM1-201ENST00000315190 3207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MRPS7-201ENST00000245539 1406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 LINC00658-202ENST00000420529 1542 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ZNF750-202ENST00000572562 1513 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 POC1B-202ENST00000393179 3096 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PIMREG-205ENST00000572447 1948 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 RPA3-201ENST00000223129 2020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 TGOLN2-205ENST00000409232 2235 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ATP6V0E2-201ENST00000421974 2605 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ARL8B-201ENST00000256496 3005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SCUBE2-207ENST00000520467 3148 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SESN1-204ENST00000436639 3509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 OCEL1-201ENST00000215061 1133 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 RBM8A-201ENST00000369307 796 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MIR663B-201ENST00000408361 115 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 POM121L10P-201ENST00000436994 1285 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CHMP1AP1-201ENST00000445563 662 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 GNLY-210ENST00000524600 750 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 USB1-203ENST00000539737 1212 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 EMC4-209ENST00000559421 497 ntTSL 2 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 AC097634.3-201ENST00000613067 820 ntTSL 3 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ZMYND10-202ENST00000360165 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PTPN11-201ENST00000351677 6101 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 DDX5-201ENST00000225792 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SCYL1-214ENST00000533862 2570 ntTSL 5 BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 STK17A-201ENST00000319357 3368 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 LRRN2-203ENST00000367177 3463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 SLC37A1-201ENST00000352133 3664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 INPPL1-207ENST00000538751 4656 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PRLHR-201ENST00000239032 5446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 NFIC-211ENST00000641145 8399 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ORMDL3-204ENST00000579695 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 FKBP4P6-201ENST00000457486 1332 ntBASIC15.94■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 ADGRA1-203ENST00000607359 6004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 BRF1-206ENST00000446501 2858 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 APP-204ENST00000357903 3543 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 PPM1F-202ENST00000397495 1778 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 MYCN-202ENST00000638417 1693 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CHST14-201ENST00000306243 3574 ntAPPRIS P1 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 RGPD8-201ENST00000302558 5576 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 CALCOCO2-211ENST00000508679 1396 ntTSL 2 BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 HSFX2-201ENST00000598963 1365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 TPBG-201ENST00000369750 6484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
SMARCB1Q12824 UCP2-201ENST00000310473 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.93■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 37.6 ms