Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 CNBP-208ENST00000504813 1549 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CHD1L-203ENST00000369259 2358 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 LRRFIP1P1-201ENST00000498774 2246 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SLC17A7-204ENST00000600601 2237 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TRIML1-201ENST00000332517 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AP001372.2-201ENST00000526036 2493 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 HLA-DQB1-205ENST00000434651 1642 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 HNF4A-202ENST00000316673 1470 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TPD52L2-209ENST00000611972 2197 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NR2C1-201ENST00000330677 2014 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ZNF143-213ENST00000530463 2022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MFSD1-203ENST00000415822 2423 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ZNF84-208ENST00000539354 3237 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PCSK5-205ENST00000545128 9538 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CCDC40-201ENST00000269318 1970 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 LZTS1-201ENST00000265801 5459 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NR2C1-203ENST00000393101 1822 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PSME1-201ENST00000206451 1006 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 DKFZp779M0652-201ENST00000378779 649 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NDUFC1-201ENST00000394223 598 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TMEM243-202ENST00000423734 601 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL451042.2-201ENST00000424774 904 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SPATA3-204ENST00000433428 856 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 RPL35A-205ENST00000448864 549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SERPINA13P-202ENST00000478994 924 ntBASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC124301.1-201ENST00000524885 602 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 HBS1L-208ENST00000525067 582 ntTSL 3 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 USP3-AS1-204ENST00000559861 620 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SIRT2-219ENST00000613542 1170 ntTSL 5 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PLEKHB2-211ENST00000628582 1297 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PGAP3-201ENST00000300658 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NFAM1-201ENST00000329021 5602 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TUBB4A-201ENST00000264071 2552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NUCKS1-201ENST00000367142 6496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PPAN-P2RY11-202ENST00000428358 2661 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AIFM1-201ENST00000287295 2260 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 APBB1-202ENST00000311051 2619 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AP000487.1-202ENST00000500185 2602 ntTSL 2 BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CD34-202ENST00000356522 2874 ntTSL 1 (best) BASIC15.97■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ARHGEF25-202ENST00000333972 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CBX8-201ENST00000269385 3791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GOLM1-203ENST00000388712 3046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 HNRNPLL-212ENST00000608859 3035 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MGAT1-201ENST00000307826 2761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SHANK3-201ENST00000262795 7091 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC148477.4-201ENST00000613430 1793 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CCDC110-201ENST00000307588 2898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MAX-205ENST00000358664 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SPOCK2-202ENST00000373109 5445 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SDCCAG3P2-201ENST00000326105 1023 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TSPO-203ENST00000396265 1075 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 RAC2-202ENST00000401529 569 ntTSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NDUFAB1P1-201ENST00000404262 460 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SAP30L-202ENST00000426761 777 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 LINC02158-201ENST00000432377 897 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC016825.1-201ENST00000433600 778 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FTLP10-202ENST00000505798 471 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PAX5-211ENST00000522003 1019 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC134698.3-201ENST00000523880 214 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 BHMT-206ENST00000524080 1207 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL136088.1-202ENST00000525871 439 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NAALADL1-207ENST00000526799 959 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TMEM91-211ENST00000544232 725 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 C17orf49-209ENST00000552775 779 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL021997.3-201ENST00000621053 557 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL353726.2-201ENST00000623259 884 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC068587.6-202ENST00000641839 5619 ntBASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MKNK2-201ENST00000250896 3774 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 DLG4-201ENST00000302955 3184 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SYNM-201ENST00000328642 3960 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CTNNBIP1-203ENST00000377263 3000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SOX14-201ENST00000306087 2055 ntAPPRIS P1 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GIT2-220ENST00000553118 2424 ntTSL 5 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SMG1P3-206ENST00000522841 2774 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PRKAG1-217ENST00000552212 1497 ntTSL 2 BASIC15.96■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 PRKX-201ENST00000262848 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 LTBR-201ENST00000228918 2260 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 IQCC-202ENST00000537469 2252 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 SOX30-202ENST00000311371 2716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.96■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
LIMD1Q9UGP4 RALGPS1-203ENST00000373434 2466 ntTSL 1 (best) BASIC15.95■□□□□ 0.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 69.9 ms