Protein–RNA interactions for Protein: Q9NXS3

KLHL28, Kelch-like protein 28, humanhuman

Predictions only

Length 571 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
KLHL28Q9NXS3 RTN1-209ENST00000611068 2647 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GAK-214ENST00000511163 4280 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GGT6-201ENST00000301395 2534 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PLIN3-202ENST00000585479 1535 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AGRN-210ENST00000620552 7394 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GMNN-201ENST00000230056 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MUC1-201ENST00000337604 859 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ASB12-201ENST00000362002 1289 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 GSTO1-201ENST00000369710 900 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 OR5C1-201ENST00000373680 963 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC104135.1-201ENST00000418001 763 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MUSTN1-201ENST00000446157 721 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SNX21-206ENST00000462307 1043 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC055854.1-201ENST00000523627 570 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TGIF2-C20orf24-201ENST00000558530 918 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 IFT20-209ENST00000579419 787 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC067852.1-201ENST00000585572 594 ntTSL 4 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 YTHDF3-AS1-201ENST00000603538 718 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC239800.4-201ENST00000603712 296 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SPDYE12P-201ENST00000618416 771 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC008761.3-201ENST00000624803 892 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HIST1H3D-202ENST00000635200 948 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TINF2-202ENST00000399423 2168 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TCP11L1-201ENST00000334274 2817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 DDX1-202ENST00000381341 2817 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HNF1A-211ENST00000543427 2819 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 C14orf180-203ENST00000557649 2551 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SLC7A4-201ENST00000382932 2313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC100757.3-201ENST00000622361 1406 ntBASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NFKB2-203ENST00000369966 3101 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ARMC6-206ENST00000535612 2488 ntTSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PKIA-202ENST00000396418 4163 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TDRD5-204ENST00000444136 3946 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TERF1-201ENST00000276602 3268 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TEN1-CDK3-202ENST00000569284 3287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 DPEP1-201ENST00000261615 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TIMP2-201ENST00000262768 3652 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FBXO45-202ENST00000440469 3689 ntTSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SLC12A5-211ENST00000616933 6166 ntTSL 5 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CAVIN1-201ENST00000357037 3828 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 WASHC2A-203ENST00000351071 4642 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 UBC-205ENST00000536769 3745 ntAPPRIS P1 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ZFYVE28-201ENST00000290974 4131 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ATE1-203ENST00000369043 4900 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CPT2-201ENST00000371486 3094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TAF6-209ENST00000452041 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ATF7-205ENST00000548446 1892 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC14.38□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LMX1B-202ENST00000373474 5797 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ALPI-201ENST00000295463 2550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 KIAA1841-201ENST00000295031 3116 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TMEM115-201ENST00000266025 2197 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL034550.2-201ENST00000620523 1771 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MMP25-201ENST00000336577 3554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NPY5R-203ENST00000515560 3183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 DXO-203ENST00000375356 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TCP11-206ENST00000412155 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FADS2-210ENST00000522056 1689 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 UBE3A-224ENST00000635914 9352 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FOXRED2-201ENST00000216187 3933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 SLC52A3-201ENST00000217254 2654 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 USE1-201ENST00000263897 843 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 TUFT1-201ENST00000353024 2107 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL133267.1-201ENST00000398220 340 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AP001056.1-201ENST00000411956 821 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC015922.1-201ENST00000421102 1152 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC007405.3-202ENST00000426475 660 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC016735.2-201ENST00000438736 569 ntTSL 4 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 LINC01983-203ENST00000444346 519 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CCDC159-201ENST00000458408 1062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 NPHP3-AS1-201ENST00000489343 2957 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC114956.2-201ENST00000512498 572 ntTSL 4 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ERGIC1-212ENST00000523291 586 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 RAB30-AS1-207ENST00000533708 825 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 MIR210HG-203ENST00000533920 816 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC116003.1-201ENST00000578340 536 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 FAM92A-219ENST00000620645 1014 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AL033527.5-202ENST00000641632 1098 ntBASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ATG10-202ENST00000355178 1438 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 CLDN22-201ENST00000323319 2581 ntAPPRIS P1 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC104407.1-201ENST00000511017 1568 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC026688.2-201ENST00000518984 1734 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 AC005264.1-201ENST00000587587 2319 ntTSL 2 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ALDH3A2-221ENST00000581518 2785 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 HDHD3-202ENST00000374180 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 EDIL3-201ENST00000296591 4727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 BPGM-201ENST00000344924 1753 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 IFT52-201ENST00000373030 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ACTL6A-202ENST00000429709 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 ZNF79-201ENST00000342483 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
KLHL28Q9NXS3 INPP5K-204ENST00000421807 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.37□□□□□ -0.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.8 ms