Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 AC078785.1-203ENST00000467342 573 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HNRNPA1P13-201ENST00000510646 963 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 C14orf178-204ENST00000557011 474 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GREM1-201ENST00000560677 623 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SPDYE22P-201ENST00000582158 798 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CTBP2P3-201ENST00000585629 1255 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PTPRS-208ENST00000590509 893 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZNF83-215ENST00000600714 810 ntTSL 3 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KISS1-202ENST00000625357 435 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KCNC1-202ENST00000379472 7965 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TBPL2-201ENST00000247219 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ATP6V1H-202ENST00000359530 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LSS-202ENST00000397728 4936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GRIK5-204ENST00000593562 3308 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ABLIM2-201ENST00000341937 2589 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FMNL1-206ENST00000587489 2487 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PODN-201ENST00000312553 3010 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KCNG3-202ENST00000394973 3656 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 OIT3-202ENST00000622652 1602 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SERPINE2-202ENST00000409304 2161 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CSAD-202ENST00000379843 2086 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CAPN7-201ENST00000253693 4353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 APP-208ENST00000439274 2517 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 INPP5D-201ENST00000359570 5274 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LINC01101-201ENST00000622953 1884 ntBASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GRID2IP-202ENST00000452113 3428 ntTSL 5 BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 VEZF1-202ENST00000581208 2321 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.85□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TC2N-206ENST00000556018 1770 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MARVELD1-201ENST00000285605 3221 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SLK-201ENST00000335753 7673 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CDH20-203ENST00000538374 2683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HNRNPDL-208ENST00000621267 4139 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NOX3-201ENST00000159060 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TAF11-201ENST00000361288 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FGD5P1-202ENST00000614866 2498 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 EIF4G1-203ENST00000350481 4990 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CNTFR-204ENST00000610543 1926 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 HDHD3-201ENST00000238379 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RCOR2-201ENST00000301459 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 KCNG4-202ENST00000568181 2199 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SEC13-201ENST00000337354 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RHPN1-201ENST00000289013 3683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 REXO1L5P-201ENST00000622260 2098 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PTPRF-201ENST00000359947 7727 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 SPATC1L-202ENST00000330205 1182 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TMEM91-202ENST00000356385 944 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL645937.2-201ENST00000396808 931 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PABPN1L-202ENST00000419291 1272 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC073283.1-201ENST00000421759 860 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AL731661.1-201ENST00000438217 758 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CRB3P1-201ENST00000449338 276 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CXorf40A-211ENST00000450602 1204 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PSEN2-206ENST00000472139 1163 ntTSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AP001582.1-201ENST00000525856 295 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 IFITM2-204ENST00000533141 588 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC007569.1-201ENST00000550306 600 ntTSL 3 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC008770.3-202ENST00000591944 567 ntTSL 4 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC092364.2-202ENST00000597012 1073 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AC133539.2-201ENST00000604757 467 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 WFDC1-204ENST00000613603 549 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 BX539320.1-201ENST00000623759 877 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GABARAP-201ENST00000302386 1634 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FRMD5-209ENST00000484674 2319 ntTSL 2 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PITPNC1-203ENST00000580974 6182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 GFOD1-203ENST00000379287 8751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 PRDM1-203ENST00000369096 5164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ABHD16A-201ENST00000395952 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 AP1S3-206ENST00000443700 1785 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 ZSCAN10-209ENST00000576985 2739 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 CICP23-201ENST00000605013 2741 ntBASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 BACE2-203ENST00000347667 8764 ntTSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TGFBR2-201ENST00000295754 4621 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 TDRD6-201ENST00000316081 6817 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 FXYD6-201ENST00000260282 1929 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 EXOG-201ENST00000287675 2792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 P2RY4-201ENST00000374519 1595 ntAPPRIS P1 BASIC11.84□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MMRN2-201ENST00000372027 4375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 NUP62-212ENST00000597723 1824 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RASGRF1-203ENST00000558480 6237 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.83□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 MAP3K10-201ENST00000253055 3436 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.51
CCDC140Q96MF4 RRBP1-204ENST00000377813 5041 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 AC010931.2-202ENST00000514871 2566 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 AGER-206ENST00000375070 1463 ntTSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 AGER-208ENST00000438221 1493 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 PITPNM2-208ENST00000542749 6660 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 BRCC3-201ENST00000330045 2496 ntTSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 BMP1-203ENST00000354870 3989 ntTSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 GOLGA8M-201ENST00000563027 1899 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 IQCA1L-203ENST00000615129 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 PXYLP1-201ENST00000286353 3281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 GRAP-201ENST00000284154 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 SCAND1-201ENST00000305978 902 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
CCDC140Q96MF4 LCN15-201ENST00000316144 762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.83□□□□□ -0.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.2 ms