Protein–RNA interactions for Protein: P31249

HOXD3, Homeobox protein Hox-D3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 432 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXD3P31249 GUSBP2-202ENST00000479900 1203 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AP001889.1-201ENST00000525414 633 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PLEKHA7-214ENST00000532079 565 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RPL36-203ENST00000577222 874 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MIF4GD-206ENST00000579119 856 ntTSL 3 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC011497.1-201ENST00000596781 561 ntTSL 4 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MIR6787-201ENST00000616675 61 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HADH-212ENST00000638621 741 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARHGEF28-202ENST00000296799 4424 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PLPPR2-201ENST00000251473 2727 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC020658.6-201ENST00000623564 1870 ntBASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PMPCB-201ENST00000249269 2472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MPPE1-201ENST00000309976 1636 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MIER1-209ENST00000401042 1648 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NOMO2-203ENST00000543392 3765 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CDH6-205ENST00000514738 2569 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DUSP6-202ENST00000308385 1959 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 EIF1B-AS1-201ENST00000625390 1958 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FOLH1-202ENST00000340334 2697 ntTSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GATA3-201ENST00000346208 2654 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CDIP1-209ENST00000567695 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PDE4A-203ENST00000380702 4781 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLC46A2-201ENST00000374228 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 APLN-201ENST00000429967 3205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GMPR2-231ENST00000620807 1910 ntTSL 5 BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 DCAF11-217ENST00000559115 2711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.88□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ODF3-201ENST00000325113 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 COMT-205ENST00000406520 1339 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LGR6-205ENST00000439764 2487 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GFOD1-206ENST00000612338 2481 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MGMT-201ENST00000306010 1759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HNRNPR-204ENST00000427764 1788 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LMF2-202ENST00000474879 2582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PXK-204ENST00000383716 3035 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AL035460.1-201ENST00000380593 1866 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NRSN2-210ENST00000621012 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 C9orf47-201ENST00000334490 4829 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CLPTM1-203ENST00000546079 2342 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MAP3K4-202ENST00000366919 5397 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ECHDC2-203ENST00000371522 1509 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ZC2HC1C-202ENST00000439583 1509 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ARL6IP1-201ENST00000304414 2409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 HDAC11-214ENST00000446613 2875 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TRPV4-204ENST00000536838 2514 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MRPL11-201ENST00000310999 1605 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MFN2-203ENST00000444836 4531 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MSTO2P-201ENST00000314835 1709 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PIK3R6-203ENST00000614407 2265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLC25A37-206ENST00000519973 4823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 POLR2J-201ENST00000292614 932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 KRTAP19-3-201ENST00000334063 522 ntAPPRIS P1 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TNFRSF12A-202ENST00000341627 881 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MS4A13-201ENST00000378185 808 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC005229.1-201ENST00000392885 409 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 POLR2F-208ENST00000470701 584 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FTH1P14-201ENST00000482930 551 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 OSGIN2-203ENST00000520659 801 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ST8SIA2-202ENST00000539113 1089 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LINC01220-201ENST00000558575 715 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CX3CL1-203ENST00000564948 563 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SNAI3-AS1-206ENST00000569786 588 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 AP001005.4-201ENST00000572530 387 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SPECC1-223ENST00000584527 940 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LINC02351-201ENST00000614728 289 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MIR6869-201ENST00000619434 62 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 GOSR2-211ENST00000623037 1814 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 LINC00554-201ENST00000564841 3011 ntBASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 BCL9L-202ENST00000526143 5514 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 INHBB-201ENST00000295228 3204 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FEZF1-AS1-202ENST00000428449 2653 ntTSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SLC18A2-201ENST00000298472 3852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TMEM200C-202ENST00000581347 10638 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 SALL3-201ENST00000536229 3997 ntTSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NKIRAS1-201ENST00000388759 2335 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TK2-203ENST00000451102 3738 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 INPP5B-202ENST00000373023 4694 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 FOXH1-201ENST00000377317 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 EPN1-203ENST00000411543 2621 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PXN-207ENST00000536957 4112 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NEFL-203ENST00000619417 1879 ntTSL 5 BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 ITSN1-212ENST00000399367 5722 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CDH15-201ENST00000289746 2847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 TP73-204ENST00000378280 2062 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NDRG2-207ENST00000397847 2084 ntTSL 1 (best) BASIC11.87□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 EFEMP1-202ENST00000394555 3024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RPL3L-201ENST00000268661 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 MIEF1-202ENST00000402881 2269 ntTSL 1 (best) BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 CHMP1A-202ENST00000535997 2295 ntTSL 2 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 NID2-208ENST00000617139 3827 ntTSL 5 BASIC11.86□□□□□ -0.51
HOXD3P31249 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC11.86□□□□□ -0.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65.7 ms