Protein–RNA interactions for Protein: Q9UK41

VPS28, Vacuolar protein sorting-associated protein 28 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 221 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS28Q9UK41 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 DYRK1B-201ENST00000323039 2535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 PHF11-202ENST00000378319 1359 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 FOSL1-202ENST00000448083 1427 ntTSL 2 BASIC23.76■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CUL4A-209ENST00000488558 1111 ntTSL 3 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC23.75■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.74■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 ZNF837-201ENST00000427624 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 IGFBP7-203ENST00000514062 1251 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 HNRNPUL1-222ENST00000617774 451 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 RBM42-206ENST00000592202 1469 ntTSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 DNAJB11-201ENST00000265028 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 E2F5-203ENST00000418930 1890 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 WNT11-201ENST00000322563 1930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 LINC01342-201ENST00000416774 1620 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 LRRC61-205ENST00000493307 1456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 WBP1-203ENST00000409737 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 AP001267.3-203ENST00000554407 579 ntTSL 2 BASIC23.71■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 SLC52A2-202ENST00000402965 1777 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.39
VPS28Q9UK41 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 CLTA-204ENST00000433436 1235 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 CLTA-209ENST00000538225 1181 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 CLTA-210ENST00000540080 989 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 MTDHP2-201ENST00000601468 714 ntBASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 GDF6-202ENST00000620978 973 ntTSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 ARHGEF9-210ENST00000623517 2143 ntTSL 2 BASIC23.7■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 KRT72-201ENST00000293745 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 KLF15-201ENST00000296233 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 MBD3-202ENST00000434436 2439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 TUBBP5-204ENST00000635438 565 ntTSL 4 BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 ZNF503-AS2-201ENST00000425916 2026 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC105219.1-201ENST00000531565 1963 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 PFKFB4-204ENST00000416568 1575 ntTSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 SLC22A18-201ENST00000312221 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 HOMER3-205ENST00000542541 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC073111.5-204ENST00000498682 1167 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 SNX5-217ENST00000606557 1087 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC142381.3-201ENST00000568208 1670 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.67■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 CLDN15-201ENST00000308344 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 C12orf75-207ENST00000552457 689 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 LSM7-203ENST00000585409 512 ntTSL 2 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AC012123.1-201ENST00000426194 1661 ntTSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 JMJD1C-AS1-201ENST00000609436 1335 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 BTBD2-201ENST00000255608 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 TSEN54-201ENST00000333213 1944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.64■■□□□ 1.38
VPS28Q9UK41 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 25.3 ms