Protein–RNA interactions for Protein: Q9NZR4

VSX1, Visual system homeobox 1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 365 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VSX1Q9NZR4 FOXA2-201ENST00000377115 2401 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.57■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 LINC01578-209ENST00000557682 2683 ntTSL 2 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AC011551.1-201ENST00000614101 683 ntBASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 TTLL11-202ENST00000373776 2012 ntTSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 SNX10-207ENST00000446848 2613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.56■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MADCAM1-202ENST00000346144 1309 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AL161729.1-201ENST00000604104 1402 ntBASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 ACBD4-214ENST00000591859 1998 ntTSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 CCDC96-201ENST00000310085 2091 ntAPPRIS P1 BASIC20.55■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 RBM33-201ENST00000287912 1404 ntTSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 SCAMP3-202ENST00000355379 1537 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MRPL10-202ENST00000351111 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 CLEC14A-201ENST00000342213 2267 ntAPPRIS P1 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MTX2-204ENST00000443241 799 ntTSL 3 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 CARMIL1-202ENST00000461945 1290 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AC022616.5-201ENST00000518796 181 ntBASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 BIN1-205ENST00000351659 2365 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 BTBD6-201ENST00000327471 1948 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 CCDC24-201ENST00000372318 1463 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC20.54■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 EGFL8-219ENST00000333845 1310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 CD37-213ENST00000598095 1598 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 TRIM72-202ENST00000613872 1573 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 BCL2L12-212ENST00000616144 1854 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AARD-201ENST00000378279 2299 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 PRSS56-201ENST00000449534 2157 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 PRSS56-203ENST00000617714 2158 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 PEBP1-201ENST00000261313 1697 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 NPAS1-208ENST00000602212 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC20.52■□□□□ 0.88
VSX1Q9NZR4 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 MRPL4-207ENST00000590669 1423 ntTSL 1 (best) BASIC20.52■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 PNLIPRP2-205ENST00000611850 1407 ntTSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 CLEC2L-201ENST00000422142 1359 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 ERGIC1-202ENST00000393784 2881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 FAM162B-201ENST00000368557 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 TRIOBP-203ENST00000403663 2324 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 C21orf2-202ENST00000339818 2233 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 ATAD3A-203ENST00000378756 2492 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC20.51■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 KLC3-201ENST00000391946 1780 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 ANKRD54-201ENST00000215941 2184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 SMARCB1-201ENST00000263121 1690 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 CST6-201ENST00000312134 759 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 UBXN2A-202ENST00000404924 1557 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 CRACR2B-202ENST00000525077 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.49■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 PLEKHB1-201ENST00000227214 2016 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 CPSF4-204ENST00000436336 1738 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC20.48■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
VSX1Q9NZR4 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC20.48■□□□□ 0.87
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms