Protein–RNA interactions for Protein: Q9BUN5

CCDC28B, Coiled-coil domain-containing protein 28B, humanhuman

Predictions only

Length 200 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC28BQ9BUN5 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ZFAND2B-221ENST00000621130 1070 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SLC25A42-201ENST00000318596 3120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 AC016575.1-201ENST00000607026 382 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 APBB3-204ENST00000358580 2020 ntTSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 H2AFY-217ENST00000511689 2789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 CDR2-201ENST00000268383 2702 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 KRT18P10-201ENST00000388836 1287 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 OSBPL5-208ENST00000478260 2653 ntTSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SLC35A2-209ENST00000452555 1563 ntTSL 2 BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 NHLRC4-202ENST00000540585 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 RAB6B-203ENST00000469959 500 ntTSL 3 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 BOP1-205ENST00000569669 2303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 C6orf136-201ENST00000293604 1978 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 SHMT1-201ENST00000316694 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 GGH-201ENST00000260118 1607 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 HMX2-201ENST00000339992 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.18
CCDC28BQ9BUN5 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CTF1-201ENST00000279804 1664 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 LY6K-201ENST00000292430 2671 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 UPF3A-201ENST00000351487 2235 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 FGD5-AS1-204ENST00000430166 1184 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 AC008105.2-203ENST00000591361 550 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 RBFA-201ENST00000262197 1219 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CDX1-201ENST00000231656 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 MAPKAPK5-AS1-201ENST00000428207 2290 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CACNG8-201ENST00000270458 8747 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 MTMR14-202ENST00000351233 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 DTNB-210ENST00000407186 2275 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CADPS-203ENST00000383710 5471 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ABHD17AP4-201ENST00000411545 909 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 CAPNS1-207ENST00000589146 578 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 KEAP1-202ENST00000393623 2648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
CCDC28BQ9BUN5 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms