Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 POU2F2-208ENST00000529952 1716 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 TSPAN13-201ENST00000262067 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 RFWD2-201ENST00000308769 2124 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 PTPMT1-205ENST00000534775 1611 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 KDELR3-202ENST00000409006 931 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 ERRFI1-203ENST00000469499 995 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 AC092343.1-201ENST00000500224 729 ntTSL 3 BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 YWHAH-201ENST00000248975 1825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 MROH6-210ENST00000533679 1921 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 ZNF584-205ENST00000596281 575 ntTSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 TRIM14-203ENST00000375098 1792 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 RRP9-201ENST00000232888 1578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 DCTPP1-201ENST00000319285 1222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 NPHS2-202ENST00000367616 1670 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 MROH6-202ENST00000524906 1794 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 SLIT1-203ENST00000371041 1695 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 SDS-201ENST00000257549 1606 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 HMCES-204ENST00000502878 1952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 SUMF1-202ENST00000383843 1447 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 PICSAR-201ENST00000615826 733 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
CCDC3Q9BQI4 PCYT2-202ENST00000538721 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 PPP1R14A-204ENST00000591291 433 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 AC243829.1-202ENST00000618848 486 ntTSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 GADD45A-202ENST00000370986 1496 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 SDSL-202ENST00000403593 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 STEAP2-207ENST00000402625 1372 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 SEPT2-205ENST00000401990 1734 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 MYL5-208ENST00000511290 781 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 RABEP2-203ENST00000544477 1645 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 ANO1-202ENST00000355303 4790 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 PEX7-201ENST00000318471 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 WFDC1-201ENST00000219454 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 CKB-201ENST00000348956 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 TMEM170A-206ENST00000569276 609 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.19
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 RABL6-202ENST00000357466 1820 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 GNAL-201ENST00000269162 1722 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 IKBKG-211ENST00000615874 1460 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 IKBKG-215ENST00000619941 1463 ntTSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 SERINC5-203ENST00000509193 1441 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 CHAC1-201ENST00000444189 1204 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 AC004448.1-201ENST00000458332 883 ntBASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 RRAS2-201ENST00000256196 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 NKAIN3-202ENST00000523211 1988 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
CCDC3Q9BQI4 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC22.42■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 43 ms