Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 HSD11B1L-206ENST00000423665 1525 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 DTNB-201ENST00000288642 2464 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 DTNB-208ENST00000406818 2474 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 CDIPT-207ENST00000566113 1671 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 PSPH-201ENST00000275605 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 TSEN15-201ENST00000361641 1960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 PDSS1-201ENST00000376215 1626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 PDS5A-202ENST00000503396 2685 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.84■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 LRRC73-201ENST00000372441 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 ECE2-202ENST00000357474 2667 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 BIN1-207ENST00000357970 2497 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 SLAIN1-213ENST00000466548 2637 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 HSPBP1-202ENST00000433386 1572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 CSNK1G3-207ENST00000512718 1569 ntTSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CCDC42Q96M95 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 OSCAR-205ENST00000359649 1892 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 DUSP22-201ENST00000344450 1485 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PTX3-201ENST00000295927 1940 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 BFSP1-202ENST00000377873 2207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 CBWD2-201ENST00000259199 1812 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PNKP-201ENST00000322344 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 DGAT2-201ENST00000228027 2453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 CHST6-202ENST00000390664 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ZNF74-204ENST00000405993 1839 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 JMJD8-201ENST00000412368 2038 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PPIL6-203ENST00000440797 1693 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 CDC16-203ENST00000356221 2203 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 SRPK3-204ENST00000370108 1863 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ZNF174-202ENST00000344823 1557 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 HOMER1-202ENST00000334082 5881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 CENPV-201ENST00000299736 1165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 CASTOR2-201ENST00000616305 1257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 SLC35A2-201ENST00000247138 1672 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 BCKDHB-202ENST00000356489 1514 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 LIMD2-205ENST00000578402 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ADSS-201ENST00000366535 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 OSCAR-207ENST00000391761 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 MFSD7-201ENST00000322224 2123 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 GRPEL2-204ENST00000513661 546 ntTSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 FHL2-203ENST00000358129 1578 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 NR6A1-201ENST00000344523 1846 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 CLDND1-226ENST00000513287 999 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ST3GAL5-231ENST00000639119 2131 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 ARL6IP4-210ENST00000453766 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CCDC42Q96M95 STRBP-202ENST00000360998 2990 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 RPS2P7-201ENST00000447334 885 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 R3HDM4-208ENST00000626716 138 ntTSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 PCK2-201ENST00000216780 2357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 SPNS1-207ENST00000565975 1979 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CCDC42Q96M95 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms