Protein–RNA interactions for Protein: Q3LFD5

USP41, Putative ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 41, humanhuman

Predictions only

Length 358 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP41Q3LFD5 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 LDHB-203ENST00000396076 1538 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 DNPH1-201ENST00000230431 657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 TANGO2-204ENST00000401833 1920 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 C14orf80-204ENST00000392522 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 RPRD1A-207ENST00000588737 1264 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 SNHG7-204ENST00000447221 2157 ntTSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
USP41Q3LFD5 KRTAP5-4-201ENST00000399682 1181 ntAPPRIS P5 BASIC24.7■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 TMEM121-202ENST00000431372 1519 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 SLC6A10P-202ENST00000431994 2058 ntBASIC24.69■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 AUH-201ENST00000303617 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 FCRLB-205ENST00000367948 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.69■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 RARA-AS1-201ENST00000581080 1790 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 PGR-AS1-202ENST00000632820 1545 ntTSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 CD63-202ENST00000420846 981 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.68■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 MARCH2-201ENST00000215555 1376 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 VDAC2-203ENST00000332211 1557 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 DUSP8P4-201ENST00000399538 1761 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 AC005703.6-201ENST00000623265 1329 ntBASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 PSKH1-202ENST00000570631 1509 ntTSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 AC019163.1-201ENST00000512634 610 ntTSL 2 BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.67■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 PKMYT1-211ENST00000573944 1891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.66■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 E2F5-202ENST00000416274 1728 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 SNHG12-212ENST00000531126 719 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 ZNF641-205ENST00000547026 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.65■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.54
USP41Q3LFD5 EEF1D-201ENST00000317198 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.64■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 GFRA4-201ENST00000290417 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 UNC93B3-201ENST00000308076 687 ntBASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 STK32C-205ENST00000456004 607 ntTSL 2 BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 NRL-205ENST00000560550 788 ntTSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 FNDC4-201ENST00000264703 1657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 MIR6089-201ENST00000616698 64 ntBASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 AC131274.2-201ENST00000580697 1507 ntBASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 ATG16L2-205ENST00000534905 1614 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 ST3GAL5-214ENST00000638178 2034 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 RCE1-202ENST00000524506 1379 ntTSL 5 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 C1orf35-201ENST00000272139 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.61■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CNN3-202ENST00000394202 1974 ntTSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CARD19-201ENST00000375464 855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.6■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 C7orf25-206ENST00000447342 1823 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 TYROBP-203ENST00000544690 522 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 AL136162.1-201ENST00000607711 1078 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 PXK-201ENST00000302779 1974 ntTSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 AC112229.4-201ENST00000488671 1528 ntTSL 2 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 AC004691.2-201ENST00000509504 1531 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CEBPA-AS1-201ENST00000592982 2198 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 IL20RA-202ENST00000367746 1244 ntTSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 ZNF32-202ENST00000395797 1201 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 SIGMAR1-201ENST00000277010 1656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.58■■□□□ 1.53
USP41Q3LFD5 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.58■■□□□ 1.52
USP41Q3LFD5 YWHAH-202ENST00000397492 1879 ntTSL 3 BASIC24.58■■□□□ 1.52
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 11.3 ms