Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 AP006621.3-202ENST00000530083 765 ntTSL 3 BASIC25.07■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ZNF784-202ENST00000591479 1559 ntTSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.06■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 GYG2-205ENST00000398806 1956 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ZNF264-206ENST00000600531 774 ntTSL 2 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.05■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ZDHHC16-206ENST00000370854 1798 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 MAD2L2-201ENST00000235310 1860 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 EPCAM-201ENST00000263735 1724 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 BSCL2-205ENST00000403550 1693 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 MOSPD3-203ENST00000393950 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.04■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 RRAD-201ENST00000299759 1569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 TMUB1-202ENST00000392818 1563 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 GATM-206ENST00000558336 1522 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 MIR6722-201ENST00000617286 78 ntBASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 FAM222B-208ENST00000581381 556 ntTSL 4 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 PAOX-203ENST00000357296 1633 ntTSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
COL4A4P53420 PRADC1-201ENST00000258083 1083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 MEIS1-AS3-201ENST00000454167 707 ntTSL 4 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 C7orf25-205ENST00000438029 1743 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 BTBD6-203ENST00000392554 2176 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC25.01■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 TMCO6-201ENST00000252100 1834 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 TST-202ENST00000403892 1797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 CCDC189-211ENST00000545825 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 DPP10-AS1-201ENST00000432658 730 ntTSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.99■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 MIR4767-201ENST00000582827 78 ntBASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 SLC16A11-202ENST00000447225 1779 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.98■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.97■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 PPP1CC-206ENST00000550991 1882 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 PDPK1-204ENST00000441549 1729 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 KAT8-202ENST00000448516 1789 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC24.96■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 TMEM104-205ENST00000582773 1740 ntTSL 2 BASIC24.95■■□□□ 1.59
COL4A4P53420 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 FOXO3B-201ENST00000395675 1928 ntBASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 AHSA2-201ENST00000357022 2437 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 PPM1N-207ENST00000451287 1293 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 TMEM203-201ENST00000343666 1557 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GTPBP3-202ENST00000358792 1951 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GSK3A-201ENST00000222330 2188 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 PNCK-215ENST00000447676 1585 ntTSL 2 BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 FRMD8-208ENST00000531296 366 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 IKBKGP1-201ENST00000612193 1073 ntBASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 UBE2Q2P2-204ENST00000618775 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 STOX1-202ENST00000399162 935 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 STOX1-203ENST00000399165 1135 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 DUX4L19-201ENST00000557448 1267 ntBASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC24.93■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
COL4A4P53420 ARL4D-201ENST00000320033 1612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 42.7 ms