Protein–RNA interactions for Protein: Q9UGP4

LIMD1, LIM domain-containing protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 676 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMD1Q9UGP4 LGALS3BP-218ENST00000591778 1961 ntTSL 2 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC16■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GFAP-233ENST00000639277 1783 ntTSL 5 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC16■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PLEKHA8-205ENST00000449726 7835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TRIM27-202ENST00000377199 2967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ZNF764-202ENST00000395091 2970 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 C12orf66-204ENST00000544871 2441 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SH3BP2-207ENST00000503393 9158 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MUTYH-211ENST00000456914 1692 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CTSB-201ENST00000345125 2028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ACSL3-201ENST00000357430 5679 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TANK-202ENST00000392749 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 DGAT1-206ENST00000528718 3711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 EVPL-201ENST00000301607 6614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 BCL11A-201ENST00000335712 5942 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GNB4-201ENST00000232564 6434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 B9D1-202ENST00000268841 755 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FMC1-201ENST00000297534 1210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TMEM256-201ENST00000302422 486 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 RNU1-114P-201ENST00000365297 166 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC104457.1-201ENST00000401024 814 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC233976.1-201ENST00000425150 451 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC128709.1-201ENST00000445908 600 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SPTLC1P5-201ENST00000450718 252 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 KRBOX4-206ENST00000478600 730 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AGTRAP-212ENST00000510878 849 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC090502.1-202ENST00000515416 966 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FADS2-212ENST00000522639 360 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC009088.2-201ENST00000564743 463 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FADS2-215ENST00000574708 385 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC090386.1-202ENST00000586610 469 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 STPG3-204ENST00000611378 1015 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MIR7845-201ENST00000618396 99 ntBASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL121845.3-201ENST00000490623 3119 ntTSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ARL5B-201ENST00000377275 7196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SLC39A13-201ENST00000354884 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 BICD2-202ENST00000375512 4636 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MAD1L1-202ENST00000399654 2762 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CTCF-201ENST00000264010 3939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SAE1-202ENST00000392776 1851 ntTSL 3 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ANKK1-201ENST00000303941 2543 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL355493.2-201ENST00000568270 1395 ntTSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SLC4A2-214ENST00000485713 4925 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PRPF40B-201ENST00000261897 3602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MARCH4-201ENST00000273067 4447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AL162231.1-201ENST00000421828 1525 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 H1F0-201ENST00000340857 2344 ntAPPRIS P1 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 RHNO1-202ENST00000461997 1655 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.99■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ZP3-204ENST00000416245 1846 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FZD4-201ENST00000531380 7383 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MYH14-210ENST00000601313 6896 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CSAD-208ENST00000444623 2122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GNG2-213ENST00000556766 2125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GCLC-213ENST00000616923 3694 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 B3GNT4-206ENST00000546192 2749 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NPNT-201ENST00000305572 3003 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TPD52L2-201ENST00000217121 2362 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NIPA2-204ENST00000398014 3130 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SEC14L4-201ENST00000255858 2499 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ACAD9-201ENST00000308982 2454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FAM189B-202ENST00000361361 3082 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PEA15-203ENST00000368077 1021 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PI16-201ENST00000373674 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MIR33B-201ENST00000385104 96 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CRYAA-202ENST00000398132 826 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CD8A-204ENST00000409781 597 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC010745.3-201ENST00000439745 415 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CR769775.1-201ENST00000443347 931 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 LINC02028-203ENST00000443776 453 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 Z97180.1-201ENST00000445173 988 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FAM215B-201ENST00000458392 2183 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NME2-207ENST00000514264 850 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 TCF7-218ENST00000520958 1408 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MBP-227ENST00000526111 581 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ZNF720-210ENST00000534369 791 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 RNF41-210ENST00000552244 716 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC025048.1-201ENST00000592317 542 ntTSL 4 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC008537.4-201ENST00000595728 1103 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 SCN1B-204ENST00000596348 1176 ntTSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 C18orf21-207ENST00000610527 1059 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 Metazoa_SRP.69-201ENST00000615730 281 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 AC244157.2-201ENST00000616239 1006 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 C18orf21-208ENST00000618334 856 ntTSL 3 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 FP236240.1-204ENST00000624932 712 ntTSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 LARP6-201ENST00000299213 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 PRPF31-201ENST00000321030 2126 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 CTSD-213ENST00000637915 1982 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 NORAD-201ENST00000565493 5339 ntBASIC15.98■□□□□ 0.15
LIMD1Q9UGP4 GSAP-201ENST00000257626 3251 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.98■□□□□ 0.15
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 61.4 ms