Protein–RNA interactions for Protein: Q6ZMZ3

SYNE3, Nesprin-3, humanhuman

Predictions only

Length 975 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SYNE3Q6ZMZ3 ELMOD1-201ENST00000265840 2852 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF821-203ENST00000446827 1822 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MAP2K5-201ENST00000178640 2347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ETFB-201ENST00000309244 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 KRTAP6-3-201ENST00000391624 636 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC004066.1-201ENST00000502488 802 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC113383.1-201ENST00000514696 582 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ZNF7-206ENST00000528130 1134 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 API5-211ENST00000534695 560 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SDR39U1-212ENST00000555365 976 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC138028.3-201ENST00000561699 213 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC009088.3-201ENST00000563605 357 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC010491.1-203ENST00000564167 638 ntTSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 BRI3BPP1-201ENST00000594224 787 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC011466.1-201ENST00000595201 566 ntTSL 4 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SMCO4-206ENST00000596676 180 ntAPPRIS P1 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 CHCHD2P3-201ENST00000603038 451 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC007431.3-201ENST00000623221 587 ntBASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 DMTN-202ENST00000358242 2772 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 HID1-202ENST00000425042 3271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SYNPO2L-202ENST00000394810 4921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 PCCB-218ENST00000490504 1613 ntTSL 3 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 DHX36-201ENST00000308361 3487 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 NR2E3-203ENST00000621098 2064 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 RCOR3-203ENST00000419091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MXD1-206ENST00000540449 5580 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MBD1-205ENST00000353909 2820 ntTSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 JARID2-201ENST00000341776 5755 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.08■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 RAB38-201ENST00000243662 1465 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 LHCGR-202ENST00000401907 1477 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 HIST1H2AC-203ENST00000602637 1462 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 HNRNPU-226ENST00000640218 6858 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 TSPAN11-201ENST00000261177 5505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 TRA2A-202ENST00000392502 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MEG9-201ENST00000429368 2638 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ISCA2-204ENST00000556816 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MAPKAPK3-203ENST00000446044 2988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 EML1-201ENST00000262233 4535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 TCP10-202ENST00000397829 2141 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 EPS8L2-218ENST00000530636 2469 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MECR-202ENST00000373791 2416 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 THAP10-201ENST00000249861 2399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MIOX-201ENST00000216075 1130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 PRKN-203ENST00000366894 1157 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 FKBP1B-201ENST00000380986 952 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 PDGFB-202ENST00000381551 1125 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC026410.3-201ENST00000514280 936 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC190387.1-201ENST00000551683 408 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 IL32-234ENST00000552936 713 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC140912.1-201ENST00000577171 1054 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC005785.1-202ENST00000597164 237 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 NOP53-AS1-201ENST00000602048 540 ntTSL 4 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 HDDC2-203ENST00000608284 538 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 Metazoa_SRP.112-201ENST00000613101 279 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AL662799.1-202ENST00000614205 422 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC010507.1-202ENST00000633286 381 ntTSL 3 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 LINC00592-202ENST00000640420 768 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 FAM230B-201ENST00000415376 1859 ntTSL 2 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC008079.1-201ENST00000434390 1859 ntTSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 COX11-201ENST00000299335 2497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ZBTB45P1-201ENST00000452761 1456 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD26P3-201ENST00000454044 2748 ntBASIC18.07■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 MEGF10-206ENST00000508365 2365 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SLC29A2-207ENST00000619145 2380 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ANKRD50-202ENST00000515641 4212 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 CNKSR1-201ENST00000361530 2625 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 WASH3P-207ENST00000560956 1394 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 NBEA-201ENST00000310336 10794 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ADPRHL1-202ENST00000375418 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 IDH3G-212ENST00000619865 1339 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SMARCA4-207ENST00000541122 5139 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ZCCHC4-201ENST00000302874 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC091951.1-201ENST00000512854 2465 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AP002990.1-202ENST00000496634 5064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 NSUN5P1-204ENST00000428392 1562 ntTSL 2 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 NOTCH4-201ENST00000375023 6745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 TCAF2P1-201ENST00000291129 2421 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SLC8B1-201ENST00000202831 2975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AIP-201ENST00000279146 1221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 DEGS1-201ENST00000323699 2101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 CRYGN-201ENST00000337323 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 KCNK7-201ENST00000340313 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AL442647.2-201ENST00000429864 857 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC008750.2-202ENST00000532688 729 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC092552.1-201ENST00000547243 906 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 LYSMD2-204ENST00000560491 1026 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC124287.1-201ENST00000582249 838 ntTSL 3 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 TMEM261P1-201ENST00000604899 340 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 AC093813.1-201ENST00000605066 256 ntBASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 SHOX2-202ENST00000425436 1513 ntTSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 PKD2L2-205ENST00000508638 2333 ntTSL 1 (best) BASIC18.06■□□□□ 0.48
SYNE3Q6ZMZ3 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.06■□□□□ 0.48
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 50.9 ms