Protein–RNA interactions for Protein: O43365

HOXA3, Homeobox protein Hox-A3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 443 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA3O43365 CORO2B-201ENST00000261861 3569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CORO2B-204ENST00000566799 3566 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AMZ1-201ENST00000312371 5516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PDE4C-201ENST00000262805 2472 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 TAP2-202ENST00000374899 2497 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 KLF11-201ENST00000305883 4030 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 F3-201ENST00000334047 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ECE1-204ENST00000415912 5099 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CCDC59-201ENST00000256151 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CMKLR1-206ENST00000552995 1890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ELF2-201ENST00000358635 3036 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 TNFRSF10A-201ENST00000221132 2714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 COLEC11-209ENST00000418971 1595 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PGBD5-202ENST00000525115 1569 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PSMC3-212ENST00000602866 1373 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 MFSD1-202ENST00000392813 2244 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 RPL39L-201ENST00000296277 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CCDC88B-201ENST00000301897 870 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 RTEL1-201ENST00000318100 4676 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ZNRD1-201ENST00000332435 864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 HIST3H2A-201ENST00000366695 895 ntAPPRIS P1 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 C9orf16-201ENST00000372994 713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 DDOST-202ENST00000415136 2126 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 HCST-202ENST00000437550 445 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 LYRM9-204ENST00000503642 432 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC012640.1-201ENST00000509915 688 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 LSM1-203ENST00000520755 975 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC090825.1-203ENST00000558188 582 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PLA2G4C-AS1-201ENST00000596552 568 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AL160412.1-202ENST00000616819 663 ntTSL 4 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 TRIM46-203ENST00000368383 2666 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AMOTL2-211ENST00000513145 2653 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 NRXN1-229ENST00000628515 3243 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PPM1A-203ENST00000395076 8184 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PRDM5-202ENST00000394435 2492 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 DIO3OS-208ENST00000556120 2473 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 WRAP53-210ENST00000534050 1736 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 PIK3R1-211ENST00000521381 7011 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 LONRF1-201ENST00000398246 3594 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 KMT2E-201ENST00000257745 6714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 MPP6-201ENST00000222644 8452 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 KCNT1-214ENST00000631073 3948 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CTDSP1-201ENST00000273062 2638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ADGRA1-AS1-202ENST00000444433 2646 ntTSL 3 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ELP6-201ENST00000296149 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 RNASEH2B-202ENST00000422660 4830 ntTSL 5 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 GRAMD1A-202ENST00000411896 2523 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 SLC22A12-205ENST00000473690 2522 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 WT1-209ENST00000530998 2421 ntTSL 2 BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 SNHG20-204ENST00000566583 1338 ntTSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 B4GALNT4-201ENST00000329962 3444 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 RPN1-201ENST00000296255 2314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.36□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 KCTD11-201ENST00000333751 2783 ntAPPRIS P1 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CACNB3-201ENST00000301050 2696 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC022188.1-201ENST00000620960 1664 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CHTF18-220ENST00000631357 3555 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ZNF7-218ENST00000544249 2125 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 MAP3K20-203ENST00000409176 2572 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 MAPK3-212ENST00000484663 2567 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 C15orf61-201ENST00000342683 4253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 C5orf24-204ENST00000504727 2923 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC008770.3-201ENST00000590798 1562 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 IGFBP5-201ENST00000233813 6215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 KLHDC3-203ENST00000332245 1494 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC007728.2-201ENST00000563315 2296 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 DENND4C-209ENST00000602925 6831 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AQP3-201ENST00000297991 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 FAM122A-201ENST00000394264 4575 ntAPPRIS P1 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 RHOC-201ENST00000285735 2199 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 GOPC-203ENST00000535237 4460 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CHD4-201ENST00000357008 6496 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 CDK2-202ENST00000354056 1260 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 GTF2A2-204ENST00000396063 970 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 DYNC1I1-203ENST00000413338 958 ntTSL 2 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 BCYRN1-201ENST00000418539 200 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 LINC01665-201ENST00000422917 1241 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC128709.2-201ENST00000438408 558 ntTSL 4 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 BX322559.1-201ENST00000456613 319 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AL590640.2-201ENST00000457038 527 ntBASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 ARHGEF26-AS1-201ENST00000467912 628 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 FHIT-208ENST00000492590 1081 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC008808.1-201ENST00000508923 432 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AL355102.5-201ENST00000554769 572 ntTSL 4 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC091891.1-201ENST00000560688 688 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AP002360.2-202ENST00000572035 738 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 AC008805.2-201ENST00000590069 435 ntTSL 5 BASIC12.35□□□□□ -0.43
HOXA3O43365 YIF1B-216ENST00000592694 1181 ntTSL 1 (best) BASIC12.35□□□□□ -0.43
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