Protein–RNA interactions for Protein: Q9BQI4

CCDC3, Coiled-coil domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 270 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC3Q9BQI4 MAGI3-204ENST00000369617 3911 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RFX1-201ENST00000254325 4332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 YPEL1-201ENST00000339468 4329 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SYTL3-203ENST00000367081 2692 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM181A-201ENST00000267594 1816 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HDHD2-201ENST00000300605 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ZNF799-201ENST00000419318 3036 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MEGF11-203ENST00000409699 6163 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ATP11B-201ENST00000323116 7325 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HYMAI-201ENST00000635591 3347 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PHF24-201ENST00000242315 5718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PTPN5-204ENST00000396170 3871 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GRAMD2B-217ENST00000515200 3109 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 OR4D1-202ENST00000641449 4925 ntAPPRIS P1 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GYPC-201ENST00000259254 1246 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ATP1A1-AS1-202ENST00000369492 1011 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TPO-206ENST00000382269 1155 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CNN2P8-201ENST00000421872 913 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KLK4-202ENST00000431178 481 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RPL13AP20-201ENST00000459725 609 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC099548.2-209ENST00000480264 625 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ROPN1B-210ENST00000514116 1088 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AHRR-211ENST00000515206 462 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CD74-212ENST00000524315 584 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GNAL-204ENST00000535121 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 UEVLD-212ENST00000541984 755 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C12orf57-206ENST00000544681 980 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC125603.2-201ENST00000546835 876 ntTSL 3 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC023310.1-201ENST00000554836 735 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RN7SL560P-201ENST00000577943 264 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC244093.1-201ENST00000610837 814 ntBASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LEF1-201ENST00000265165 3068 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AMT-233ENST00000636522 1620 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ICA1-201ENST00000265577 2309 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NUTM2D-202ENST00000412718 5543 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SNX19-201ENST00000265909 6535 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ATG9A-205ENST00000409618 4025 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GTF2A1L-203ENST00000430487 1575 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DLGAP1-220ENST00000581699 2258 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TCAF1-205ENST00000479870 5733 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TOM1L1-201ENST00000348161 1895 ntTSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CYP4F2-202ENST00000221700 2407 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC00942-201ENST00000515614 2417 ntTSL 5 BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FBXL5-201ENST00000341285 3385 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AP000347.2-202ENST00000421064 3041 ntTSL 1 (best) BASIC15.01□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MROH1-207ENST00000528919 5234 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PICALM-204ENST00000526033 3613 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NKX3-1-201ENST00000380871 3271 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HTR1B-201ENST00000369947 2021 ntAPPRIS P1 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DIRC2-201ENST00000261038 3596 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 HS6ST2-204ENST00000521489 2607 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RET-202ENST00000355710 5659 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 POLL-217ENST00000628479 1953 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PDXK-202ENST00000327574 2583 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MAPK8IP1-202ENST00000395629 3180 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PHF10-205ENST00000612128 4395 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 FAM83C-201ENST00000374408 3145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SLC29A1-205ENST00000371740 2219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TPRX1-201ENST00000322175 1924 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AP005117.1-202ENST00000581724 1908 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GPRASP1-205ENST00000537097 5980 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 GLUD2-201ENST00000328078 2493 ntAPPRIS P1 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RNF31-201ENST00000324103 3627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NELFA-203ENST00000411638 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SNX30-201ENST00000374232 7622 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KRT2-201ENST00000309680 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RAB41-201ENST00000276066 1071 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LAMA4-203ENST00000368638 1061 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NTMT1-202ENST00000372481 741 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 RAB41-202ENST00000374473 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 MOGAT3-202ENST00000379423 933 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 NUDT1-206ENST00000397049 714 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C1orf210-201ENST00000423420 629 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LARGE-AS1-202ENST00000424291 1065 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C1QTNF6-203ENST00000434784 975 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 LINC01248-201ENST00000458264 468 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 SNHG12-210ENST00000483436 682 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AP006621.2-201ENST00000533938 284 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PLEKHB1-206ENST00000535129 1049 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 VASH1-AS1-201ENST00000554058 871 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DUX4L45-201ENST00000566406 1057 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC243960.2-201ENST00000600996 747 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 PIK3IP1-203ENST00000441972 2374 ntTSL 2 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AL365203.3-201ENST00000609742 2057 ntBASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 BUD13-202ENST00000375445 1793 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 AC012507.2-203ENST00000415628 1765 ntTSL 3 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 DEPDC7-202ENST00000311388 2012 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 CD209-207ENST00000593660 1497 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 KLF10-201ENST00000285407 3097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C6orf223-201ENST00000336600 3581 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 C19orf68-203ENST00000614654 3588 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15□□□□□ -0.01
CCDC3Q9BQI4 ILF3-AS1-201ENST00000591501 1983 ntBASIC15□□□□□ -0.01
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 78.1 ms