Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 PPP1R21-202ENST00000294952 3142 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 LILRB5-202ENST00000345866 1864 ntTSL 2 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 MAPKAP1-202ENST00000350766 3256 ntTSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 ZSCAN30-212ENST00000639929 1305 ntTSL 5 BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 AC092384.3-202ENST00000564646 2873 ntBASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 ADAMTS13-201ENST00000355699 4442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 TRMO-203ENST00000375119 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.65■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 Z98749.3-201ENST00000400206 1770 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.1
USP39Q53GS9 CLDND1-215ENST00000507874 1380 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RTN4IP1-201ENST00000369063 1682 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CES1-202ENST00000361503 1835 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ASS1-204ENST00000372394 1973 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ADAM15-208ENST00000447332 2146 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PSMF1-201ENST00000246015 2042 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CGB5-201ENST00000301408 841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC006001.1-201ENST00000325130 474 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SH3BGR-201ENST00000333634 1251 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PFDN5-202ENST00000334478 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TP53INP1-201ENST00000342697 5638 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AL138767.1-201ENST00000354527 744 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 MBP-202ENST00000355994 2772 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 C19orf54-201ENST00000378313 2753 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SLC2A13-202ENST00000380858 3082 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC080129.2-201ENST00000418353 430 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 DGCR5-204ENST00000440005 1299 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC005833.2-201ENST00000527518 1249 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SYBU-231ENST00000533065 2645 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 C12orf73-207ENST00000549478 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 LINC02205-201ENST00000559752 239 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC009133.1-202ENST00000563806 494 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CMC2-214ENST00000565925 640 ntTSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ANAPC11-215ENST00000578550 599 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 STXBP2-221ENST00000602355 716 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC107373.2-201ENST00000607735 490 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 IKZF1-217ENST00000612658 962 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 HTT-AS1_1.1-201ENST00000612914 230 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AL607033.1-201ENST00000623900 1599 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ATP6AP2-217ENST00000636580 2337 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ZNF713-202ENST00000429591 4339 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SAP130-203ENST00000357702 4173 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 LONRF3-201ENST00000304778 2989 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AP000253.1-201ENST00000449339 2233 ntTSL 3 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 UNG-201ENST00000242576 2071 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TMEM119-201ENST00000392806 2707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AHCYP2-201ENST00000430630 1300 ntBASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PRKCZ-202ENST00000400921 2294 ntTSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 XRCC1-202ENST00000543982 1994 ntTSL 2 BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RASA4-201ENST00000262940 5605 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CCNA2-202ENST00000618014 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.64■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 LMNA-203ENST00000368297 1679 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 POU4F2-201ENST00000281321 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PRRT2-214ENST00000637064 2153 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 GSPT2-201ENST00000340438 2802 ntAPPRIS P1 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TGFBR2-202ENST00000359013 4605 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 DNM1-208ENST00000486160 3181 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 FAM118B-210ENST00000627851 1862 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PGAP2-205ENST00000396993 1566 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CEP170B-202ENST00000414716 6705 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 MYB-201ENST00000316528 3571 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 MYB-241ENST00000616088 3573 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 LINC00668-206ENST00000581725 1902 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 UBE3B-201ENST00000340074 1448 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CHI3L2-212ENST00000524472 1435 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SNRPD3-201ENST00000215829 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 HMBOX1-212ENST00000558662 1765 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ICA1L-201ENST00000358299 3457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TEX29-201ENST00000283547 709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 GUK1-206ENST00000366723 845 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TNFAIP8L2-201ENST00000368910 1178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PQLC3-202ENST00000402361 696 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC017104.1-201ENST00000415129 720 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TMEM107-204ENST00000437139 747 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ZNF767P-206ENST00000513792 565 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 NAALADL1-208ENST00000528884 973 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 COX14-203ENST00000550487 739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TRAPPC2L-206ENST00000564365 1060 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC015910.1-201ENST00000579400 975 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC068473.4-201ENST00000587527 585 ntTSL 4 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC011510.1-201ENST00000598541 286 ntTSL 3 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC131235.3-202ENST00000608135 362 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC138951.2-201ENST00000623455 1161 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC132938.4-201ENST00000623835 848 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PPA1-206ENST00000625364 644 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC244452.3-201ENST00000636814 210 ntBASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 AC092198.1-201ENST00000447651 2691 ntTSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CEP170B-203ENST00000453495 6813 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 CISH-201ENST00000348721 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 ABCB9-216ENST00000542678 6051 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 OSTF1-201ENST00000346234 1319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 RGR-201ENST00000358110 1349 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 BAIAP2-219ENST00000575245 2229 ntTSL 5 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SIGLEC6-205ENST00000425629 1852 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 C19orf48-201ENST00000345523 1503 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 SEMA7A-201ENST00000261918 3885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 PAK4-208ENST00000599386 5735 ntTSL 1 (best) BASIC15.63■□□□□ 0.09
USP39Q53GS9 NIN-203ENST00000382041 6496 ntTSL 1 (best) BASIC15.62■□□□□ 0.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.8 ms