Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 CD19-201ENST00000324662 1932 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 GINS3-203ENST00000426538 1728 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KRT17-201ENST00000311208 1524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CTCFL-210ENST00000481655 1512 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CRY2-201ENST00000417225 2053 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TCAF2-203ENST00000425618 2448 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KIF16B-203ENST00000408042 4640 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ACTA1-202ENST00000366684 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC104758.3-201ENST00000563349 1453 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ARHGAP9-203ENST00000424809 2569 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CCDC71L-202ENST00000523505 4232 ntAPPRIS P2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 C11orf52-201ENST00000278601 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PDZK1IP1-201ENST00000294338 846 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RHCE-202ENST00000340849 1087 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CSH2-203ENST00000392886 920 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 DMKN-204ENST00000408915 600 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NIF3L1-205ENST00000409588 1269 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SLC25A24P2-201ENST00000415059 510 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL008707.1-201ENST00000422498 534 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC127070.2-201ENST00000424075 555 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FAM58BP-201ENST00000439056 645 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PGAP2-214ENST00000465307 1100 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RCAN1-212ENST00000492600 935 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC022217.1-201ENST00000521069 738 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CD63-214ENST00000552692 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CSH2-206ENST00000560142 749 ntTSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC093525.1-201ENST00000569317 596 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL645939.5-201ENST00000606834 243 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL137026.1-201ENST00000624407 503 ntTSL 4 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC004923.1-202ENST00000642106 209 ntBASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KIF16B-201ENST00000354981 5261 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 COPS7B-224ENST00000620578 2500 ntTSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RUNX2-204ENST00000371438 5698 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 IQGAP2-201ENST00000274364 5844 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NAF1-201ENST00000274054 1907 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CYP1A1-203ENST00000395049 1594 ntTSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RALYL-207ENST00000521695 1924 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SYBU-230ENST00000532779 2765 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SKIDA1-202ENST00000449193 6598 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CENPK-202ENST00000396679 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KCND3-202ENST00000315987 2716 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.8■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 EHF-212ENST00000533754 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 COL26A1-201ENST00000313669 3033 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SNX9-201ENST00000392185 4198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FAM135A-209ENST00000505769 4806 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TAMM41-205ENST00000444133 1619 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ADCY1-204ENST00000621543 1647 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PPRC1-201ENST00000278070 5330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 SERPING1-204ENST00000378324 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MAP3K9-201ENST00000381250 4025 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 B4GALT3-201ENST00000319769 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ZNF32-AS3-201ENST00000458063 1932 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 C1orf53-201ENST00000367393 588 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 HIST2H2AA3-201ENST00000369159 549 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RPL13A-201ENST00000391857 1181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KRTAP19-9P-201ENST00000421795 191 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC106047.1-202ENST00000467484 482 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PRSS30P-202ENST00000475030 752 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC021723.1-201ENST00000486306 515 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KLF3-AS1-204ENST00000505240 567 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC005920.3-202ENST00000512717 789 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ANO1-AS1-201ENST00000524987 646 ntTSL 3 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL136309.4-201ENST00000527831 640 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AP003065.1-201ENST00000540912 562 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AL445483.1-201ENST00000568695 736 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC025810.1-201ENST00000569986 981 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 NFATC3-222ENST00000575270 3824 ntTSL 5 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RN7SL163P-201ENST00000583100 276 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC106872.11-201ENST00000605838 421 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC084346.2-201ENST00000607097 949 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 HIST2H2AA4-201ENST00000607355 564 ntAPPRIS P1 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 KLF3-AS1-207ENST00000620339 558 ntTSL 4 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 AC068587.8-201ENST00000641239 219 ntBASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PTK7-202ENST00000230419 4272 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MBTD1-201ENST00000376381 1420 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MAD1L1-203ENST00000402746 2355 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ENDOV-212ENST00000520284 2500 ntTSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FBXO44-204ENST00000376762 1734 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FGFR1-206ENST00000397091 5702 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PCDHA5-202ENST00000529859 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ZSWIM5-201ENST00000359600 5819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TLE4-206ENST00000376552 3695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 TUBA3D-201ENST00000321253 1546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 FO681492.1-201ENST00000623662 5321 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 GABRB3-202ENST00000311550 5781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 DBH-AS1-201ENST00000425189 2139 ntTSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ALPL-204ENST00000374840 2589 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.79■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 PAPD5-202ENST00000436909 4635 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ZFAND5-204ENST00000376960 2686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ANKRD33-201ENST00000301190 1935 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 INHBA-203ENST00000442711 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 ABCB8-212ENST00000477719 1625 ntTSL 5 BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 RHD-204ENST00000417538 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 LINC01168-201ENST00000461291 5254 ntTSL 2 BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MLPH-203ENST00000409373 2031 ntTSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 CGGBP1-201ENST00000309534 4495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 COQ8B-202ENST00000324464 2443 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
TRIM28Q13263 MRPS12-201ENST00000308018 1207 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.78■□□□□ 0.6
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