Protein–RNA interactions for Protein: Q12873

CHD3, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 2,000 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD3Q12873 HNRNPU-201ENST00000283179 3120 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 C4orf50-202ENST00000531445 6860 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LAPTM4A-201ENST00000175091 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MAGEA12-202ENST00000393869 1761 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TMEM150A-203ENST00000409668 1776 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CTSD-207ENST00000636571 1790 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ARHGAP6-202ENST00000337414 5117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 C1orf228-219ENST00000535358 1685 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RGS6-218ENST00000556437 1689 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MTA1-202ENST00000405646 2709 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 GCK-203ENST00000395796 2539 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LYPLA1-214ENST00000618741 2526 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 FGF6-201ENST00000228837 743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 S100A16-201ENST00000368703 946 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 AL133481.1-201ENST00000438554 511 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RPL7P3-201ENST00000441388 714 ntBASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 CEP57L1-208ENST00000519095 908 ntTSL 3 BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 AP002748.3-203ENST00000533502 581 ntTSL 3 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC006064.3-201ENST00000537921 477 ntTSL 4 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PTP4A1P2-201ENST00000546033 454 ntBASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TMEM219-203ENST00000561899 1249 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC005262.2-201ENST00000587701 452 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC233724.13-201ENST00000598383 410 ntBASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 GPS1-227ENST00000623761 1943 ntTSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LAT2-202ENST00000344995 2363 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SYN1-201ENST00000295987 3299 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TIRAP-203ENST00000392680 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DEK-201ENST00000244776 1441 ntTSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PAPOLB-201ENST00000404991 4262 ntAPPRIS P1 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 RAF1-205ENST00000442415 3085 ntTSL 5 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KIAA1522-202ENST00000373480 5294 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KIAA1522-203ENST00000373481 5293 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 VARS2-212ENST00000542001 4064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 P3H1-201ENST00000236040 2993 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 VWA2-202ENST00000392982 2794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CCDC144A-202ENST00000340621 2214 ntTSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 NXN-210ENST00000575801 2681 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 C21orf33-201ENST00000291577 1674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 PPFIBP2-201ENST00000299492 3557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 FAM49B-201ENST00000401979 2024 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 UBAP1-201ENST00000297661 2735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SSR4P1-203ENST00000599569 2260 ntBASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC007182.1-201ENST00000455232 2159 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 STXBP5-207ENST00000546097 2160 ntTSL 1 (best) BASIC13.24□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 GNB3-202ENST00000435982 1110 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC103563.7-201ENST00000448734 478 ntTSL 3 BASIC13.23□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 AC026774.1-201ENST00000503652 691 ntTSL 3 BASIC13.23□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 FP236241.2-201ENST00000624906 1185 ntBASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 C11orf53-203ENST00000637637 1049 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
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CHD3Q12873 DUS2-202ENST00000432752 1864 ntTSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DGKI-201ENST00000288490 3895 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DCLK2-201ENST00000296550 4265 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ITSN1-210ENST00000399353 3913 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 DCAF5-201ENST00000341516 5953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MAGEA2-202ENST00000598543 1662 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ICAM3-201ENST00000160262 1934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ULK4-203ENST00000420927 1904 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 KCNAB2-212ENST00000458166 1336 ntTSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 EIF3K-203ENST00000545173 1327 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 ASTN2-202ENST00000313400 4747 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 AC020915.1-201ENST00000413518 1469 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PCBP4-201ENST00000322099 1964 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 LAP3-201ENST00000226299 2213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 PCDHB8-201ENST00000239444 2740 ntAPPRIS P1 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SCRIB-202ENST00000356994 5218 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 YY1AP1-201ENST00000295566 2626 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MAN1C1-203ENST00000374332 4641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 CNOT8-202ENST00000403027 2604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 TMEM222-211ENST00000611517 1613 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 MAN1C1-208ENST00000611903 4647 ntTSL 5 BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SHMT2-202ENST00000414700 2006 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
CHD3Q12873 SHROOM1-201ENST00000319854 3190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.29
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