Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 UQCC2-204ENST00000607484 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 FAM234A-203ENST00000399932 3213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.5■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL050341.2-201ENST00000567508 1541 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MFF-204ENST00000353339 2186 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 STIM2-202ENST00000465503 3613 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 STAR-201ENST00000276449 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PMF1-203ENST00000368279 1019 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SAA1-202ENST00000405158 675 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 HSPB7-203ENST00000406363 648 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 UPK1A-AS1-201ENST00000443196 795 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MRPL43-211ENST00000477279 903 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LINC02063-201ENST00000503415 566 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC122694.1-201ENST00000510987 563 ntTSL 4 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SMIM28-201ENST00000573100 855 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC005746.3-201ENST00000614751 393 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LSM12-204ENST00000591247 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NME7-201ENST00000367811 1642 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MAPKAPK5-207ENST00000551404 1630 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GCKR-201ENST00000264717 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 DOLPP1-202ENST00000372546 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CASP6-202ENST00000352981 1347 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ANXA3-202ENST00000503570 1524 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC005906.2-205ENST00000640862 1522 ntTSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PPIF-201ENST00000225174 2190 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GABRA5-202ENST00000355395 2183 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CCL24-201ENST00000222902 582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 RPL15-208ENST00000435882 1063 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC007881.1-201ENST00000437460 187 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC015795.2-201ENST00000512720 575 ntTSL 3 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 RN7SL440P-201ENST00000577855 343 ntBASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 C17orf62-234ENST00000584503 584 ntTSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 BABAM1-201ENST00000359435 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PPM1J-202ENST00000464951 2474 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 IGSF9-206ENST00000611023 2663 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NFATC4-218ENST00000554966 2506 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NFATC4-225ENST00000556169 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MRTO4-201ENST00000330263 2315 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 KCNA2-201ENST00000316361 2827 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LYRM1-203ENST00000412082 1399 ntTSL 1 (best) BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 FAM222A-201ENST00000358906 2731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SEPT9-228ENST00000590294 2816 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.49■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 HACE1-202ENST00000369125 3102 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LINC01022-201ENST00000415652 394 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LINC00483-202ENST00000419688 558 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 RN7SL363P-201ENST00000482412 273 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 C10orf113-201ENST00000529198 614 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ZFP1-207ENST00000567481 493 ntTSL 4 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MIR4254-201ENST00000581063 76 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MLLT10-216ENST00000621220 381 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 OAZ3-207ENST00000627780 850 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MTUS1-229ENST00000634613 1193 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 OAZ3-209ENST00000635322 745 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 KIFC3-203ENST00000445690 3379 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ZNF384-202ENST00000355772 2514 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PES1-204ENST00000402284 2144 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GTF2IP4-202ENST00000544802 3609 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NRP1-203ENST00000374821 1988 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 EHD2-202ENST00000538399 1766 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LHCGR-204ENST00000405626 2073 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 OXSM-201ENST00000280701 1519 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MAD2L1BP-202ENST00000451025 1517 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 GNG10P1-201ENST00000452289 199 ntBASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LINC01490-202ENST00000551399 1260 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 BID-209ENST00000551952 700 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC010754.1-201ENST00000582300 1061 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SLC35G1-202ENST00000427197 2402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 TUBB4B-201ENST00000340384 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PRRT2-202ENST00000358758 2567 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CTNNBL1-209ENST00000621317 1990 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 KANSL2-212ENST00000550347 2714 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 KCNJ12-201ENST00000331718 2198 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 C14orf132-204ENST00000556728 774 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AL513478.2-202ENST00000621949 835 ntTSL 3 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ADH5-213ENST00000626055 1299 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 RAD51-201ENST00000267868 2449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PTPA-201ENST00000337738 2845 ntTSL 2 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 LAMA1-209ENST00000638611 1310 ntTSL 5 BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PTPA-223ENST00000452489 2526 ntTSL 1 (best) BASIC15.48■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PHF20L1-201ENST00000220847 3297 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SLCO6A1-201ENST00000379807 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 UNC119-204ENST00000470125 2050 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC141586.5-201ENST00000624546 2050 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 EIF4E2-201ENST00000258416 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 KLHDC2-206ENST00000554589 1641 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 VEPH1-218ENST00000494677 1714 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 AC018629.1-201ENST00000623381 1736 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 C2orf70-201ENST00000329615 731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PEBP1P3-201ENST00000455475 548 ntBASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CASP3-205ENST00000517513 964 ntTSL 5 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ANAPC15-204ENST00000535234 848 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 MT2A-202ENST00000561491 581 ntTSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 SLC27A5-201ENST00000263093 2361 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 CD27-201ENST00000266557 1338 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 NETO1-201ENST00000327305 3058 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ZNF707-223ENST00000532205 2865 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 ARHGAP9-202ENST00000393797 2912 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 DYRK3-201ENST00000367106 2329 ntTSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
COL6A3P12111 PSMG2-201ENST00000317615 1686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.47■□□□□ 0.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.8 ms