Protein–RNA interactions for Protein: O43248

HOXC11, Homeobox protein Hox-C11, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 304 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXC11O43248 PPP1R14B-202ENST00000392210 600 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 GHSR-202ENST00000427970 912 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL160290.2-201ENST00000448347 831 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 VGLL4-214ENST00000451674 938 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC104306.2-201ENST00000451877 341 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC018685.1-201ENST00000457813 368 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MUC1-218ENST00000471283 635 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CHIA-209ENST00000483391 1188 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CHMP2B-205ENST00000494980 1175 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 COX5BP1-201ENST00000507622 393 ntBASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AF111167.2-202ENST00000558267 599 ntTSL 4 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CYBA-208ENST00000567174 1085 ntTSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC008403.1-201ENST00000595676 443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 OCEL1-213ENST00000601529 942 ntTSL 3 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 FDPS-221ENST00000612683 1198 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SHQ1-201ENST00000325599 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 ZNF786-202ENST00000491431 2874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CTSO-201ENST00000433477 2954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 ACRBP-201ENST00000229243 1933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SHMT2-232ENST00000557487 1918 ntTSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TXNDC11-201ENST00000283033 3140 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MEN1-207ENST00000377326 3150 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 NSUN2-201ENST00000264670 3303 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SUN2-203ENST00000406622 2725 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 NDRG2-202ENST00000298687 2122 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 NDRG2-203ENST00000350792 2127 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SPATA33-210ENST00000611218 1546 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.58■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 LSM6-201ENST00000296581 2259 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TSSC2-204ENST00000529482 2337 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CBX3-203ENST00000409747 1717 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL023775.1-201ENST00000454907 1746 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PCCB-204ENST00000462637 1715 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 UCHL5-206ENST00000367455 5327 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 HSD17B6-205ENST00000554643 1751 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AP1M2-207ENST00000590923 1757 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC055811.4-201ENST00000624039 1754 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 EFNB3-201ENST00000226091 3222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC105917.1-201ENST00000506637 2539 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PHB-201ENST00000300408 1832 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SLC2A9-201ENST00000264784 1850 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 ABTB1-206ENST00000468137 2065 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MRPL34-201ENST00000252602 968 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TMEM141-201ENST00000290079 768 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL450469.1-201ENST00000418953 461 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC079178.1-201ENST00000420915 656 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 LINC01840-201ENST00000421870 571 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 APOA2-204ENST00000464492 530 ntTSL 3 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SELENOW-201ENST00000509570 881 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AP001258.2-201ENST00000529891 490 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 C12orf49-204ENST00000548356 923 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TSR1-204ENST00000576112 1290 ntTSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 RN7SL713P-201ENST00000582127 302 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL358473.2-201ENST00000610411 556 ntTSL 4 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SLC6A17-201ENST00000331565 6427 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CAMLG-201ENST00000297156 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PUF60-208ENST00000526683 2412 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MAP4K3-201ENST00000263881 4362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 DUSP18-201ENST00000334679 2479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SLC37A4-217ENST00000545985 2606 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TRIM62-204ENST00000543586 1638 ntTSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TSPY26P-202ENST00000565928 3884 ntBASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AP3D1-202ENST00000355272 5034 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 KCNC2-209ENST00000550433 2931 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MAMSTR-201ENST00000318083 1837 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TGFB1I1-202ENST00000394858 1803 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SYP-207ENST00000479808 1850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.57■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SLC39A8-202ENST00000394833 3238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MAPKAP1-206ENST00000373511 3252 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 TUBA8-202ENST00000330423 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 HEG1-201ENST00000311127 9156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PAQR6-204ENST00000356983 2143 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 DNAJC2-203ENST00000379263 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 SLC29A1-209ENST00000427851 2171 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AP000704.1-201ENST00000637940 2182 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 LRP8-202ENST00000347547 2382 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 EYA4-205ENST00000430974 2364 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PARP16-201ENST00000261888 2731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 DLGAP4-205ENST00000401952 4881 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 DENND3-201ENST00000262585 5438 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 KLC1-206ENST00000389744 3250 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 MYB-203ENST00000341911 3672 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 NEU2-201ENST00000233840 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 CSH1-201ENST00000316193 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 EMC3-AS1-202ENST00000366264 559 ntTSL 4 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 HIST3H3-201ENST00000366696 481 ntAPPRIS P1 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PRTFDC1-203ENST00000376378 747 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 RHOG-203ENST00000396979 1289 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 PRKG1-AS1-201ENST00000420193 971 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL451065.1-201ENST00000428958 238 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AC053503.1-201ENST00000429882 519 ntTSL 3 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 LINC01762-204ENST00000434879 436 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL162457.2-202ENST00000442888 679 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 IQCF3-203ENST00000444293 450 ntTSL 1 (best) BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 AL450003.2-201ENST00000450445 428 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 OARD1-212ENST00000482515 832 ntTSL 2 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 DCTD-213ENST00000510370 794 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
HOXC11O43248 RHOG-204ENST00000533217 886 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 65 ms