Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 AC025279.2-201ENST00000569730 653 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SCGB1C2-201ENST00000595228 478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IL32-201ENST00000008180 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KRT32-201ENST00000225899 1750 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SUMO3-203ENST00000397898 1779 ntTSL 3 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC023157.3-201ENST00000619086 2088 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MBNL1-201ENST00000282486 6422 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KCNJ18-201ENST00000567955 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PARN-202ENST00000420015 2360 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ACSS1-201ENST00000323482 3680 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NTRK2-206ENST00000376213 5560 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CTNNB1-210ENST00000453024 2841 ntTSL 2 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IL1RN-203ENST00000361779 1922 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KCTD1-203ENST00000417602 1705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PDIA3P1-201ENST00000471856 1510 ntBASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GFRA2-204ENST00000518077 1503 ntTSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SCGN-202ENST00000377961 1447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.43■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MANSC1-202ENST00000535902 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TMEM57-202ENST00000399766 3294 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 OTX1-201ENST00000282549 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 OTX1-202ENST00000366671 2861 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC138904.3-201ENST00000635780 2681 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MIER1-208ENST00000401041 2552 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL390038.1-201ENST00000419814 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL359258.1-201ENST00000438965 2481 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CASK-202ENST00000378158 3848 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZMIZ1-205ENST00000611351 2196 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SMIM13-202ENST00000416247 4688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SNCAIP-207ENST00000504884 1885 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MAGEA12-201ENST00000357916 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IQCF3-205ENST00000456080 1685 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PRMT6-201ENST00000370078 2616 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CCDC51-204ENST00000442740 1554 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ADAMTSL1-207ENST00000380566 2321 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 HSPA12B-201ENST00000254963 3151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NAGK-201ENST00000244204 1154 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ATP6V1F-201ENST00000249289 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 OR8S1-201ENST00000310194 1080 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZBTB12BP-201ENST00000314232 1122 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ANKRD19P-201ENST00000338192 862 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LBX2-201ENST00000341396 886 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C2orf15-202ENST00000409684 1058 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ARSEP1-201ENST00000420443 635 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 RORA-AS1-205ENST00000559824 761 ntTSL 3 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SLC38A7-207ENST00000564391 731 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZNF790-AS1-204ENST00000589556 650 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C19orf53-206ENST00000593274 491 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 EGLN2-209ENST00000594140 991 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C9orf172-201ENST00000436881 4387 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SNAPC1-201ENST00000216294 2656 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SLC9A7P1-201ENST00000554295 3311 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C16orf54-201ENST00000329410 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KIF18B-203ENST00000590129 2569 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 C11orf80-201ENST00000360962 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ACTL7B-201ENST00000374667 2379 ntAPPRIS P1 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 DMTN-204ENST00000415253 2394 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TLE3-223ENST00000560939 3021 ntTSL 5 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 STK39-201ENST00000355999 3820 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 IL12RB2-205ENST00000541374 3849 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 FOS-202ENST00000535987 1402 ntTSL 2 BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PCDHGB8P-201ENST00000502926 1973 ntBASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PAK6-203ENST00000542403 2540 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ABCG5-202ENST00000405322 2896 ntTSL 1 (best) BASIC15.42■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SPATC1-202ENST00000447830 1795 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZFAND5-205ENST00000376962 2785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KRT15-201ENST00000254043 5237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CCDC8-201ENST00000307522 3213 ntAPPRIS P1 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SYT1-201ENST00000261205 4808 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PNPLA5-202ENST00000381198 2000 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 UPB1-202ENST00000382760 1928 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 APBB1-217ENST00000608645 1925 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 NTMT1-204ENST00000372486 1487 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CATSPER2P1-203ENST00000429276 1466 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CYP2U1-201ENST00000332884 4944 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LILRP1-201ENST00000444199 1370 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SLC8A3-203ENST00000357887 5259 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 SLC8A3-204ENST00000381269 5268 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 CYTL1-201ENST00000307746 1003 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 GABARAPL2-201ENST00000037243 1002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 MIR1909-201ENST00000411312 80 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL121983.1-201ENST00000424181 335 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 Z98749.2-201ENST00000428294 700 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 LIMS3-201ENST00000437679 1220 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC234783.1-201ENST00000441761 496 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 FDPS-203ENST00000447866 1256 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC007551.1-201ENST00000457394 519 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AL121845.2-201ENST00000467211 252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 DNAJC19-208ENST00000486355 828 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 DNAJC19-209ENST00000491873 769 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 PUDP-206ENST00000540122 825 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 KRT90P-201ENST00000549264 1064 ntBASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC008969.1-205ENST00000553254 876 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 APRT-204ENST00000563655 709 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 AC024619.2-201ENST00000581964 517 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 FP565260.6-205ENST00000624120 898 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ARID1B-222ENST00000637003 1290 ntTSL 5 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TPD52L2-205ENST00000352482 2339 ntTSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ZBTB37-203ENST00000367704 2323 ntTSL 2 BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 ADD2-208ENST00000430656 2332 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.41■□□□□ 0.06
LHX3Q9UBR4 TPD52L2-210ENST00000615907 2310 ntTSL 4 BASIC15.41■□□□□ 0.06
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 115.9 ms