Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 WDR74-205ENST00000525752 1724 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TCEAL5-201ENST00000372680 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EVA1A-203ENST00000410010 696 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FOXP4-AS1-202ENST00000432751 409 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CDCA4P4-201ENST00000435216 680 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RRNAD1-204ENST00000476229 1096 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RN7SL578P-201ENST00000477781 283 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AL928742.1-201ENST00000497397 548 ntTSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC242426.4-201ENST00000606856 573 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 OR3A1-202ENST00000615105 966 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EPHA10-203ENST00000427468 3167 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CPXM2-204ENST00000615851 2512 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DCST1-202ENST00000368419 2207 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 QSOX1-201ENST00000367600 2519 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RBBP7-204ENST00000404022 1904 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NFIX-208ENST00000587260 1537 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MTX3-201ENST00000509852 1655 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC026412.1-202ENST00000512335 2231 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 HPN-201ENST00000262626 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC007292.2-201ENST00000593524 1812 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AIFM1-203ENST00000346424 1200 ntTSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 UBE4B-203ENST00000377153 1273 ntTSL 3 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 WASIR1-201ENST00000399966 1054 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 GUSBP10-201ENST00000417412 665 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TMEM223-202ENST00000525631 736 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC005921.2-201ENST00000574246 670 ntTSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PRMT1P1-201ENST00000604252 1009 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CSTP2-201ENST00000610599 398 ntBASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 BPIFB4-201ENST00000375483 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MGAT1-203ENST00000393340 3077 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 WNT8B-201ENST00000343737 2112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LRRTM1-202ENST00000409148 2126 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FSTL3-206ENST00000592947 2144 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 BET1L-203ENST00000382762 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ROPN1-203ENST00000459660 1909 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LINC00682-202ENST00000499082 1384 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TOMM40-207ENST00000592434 3415 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TUBGCP3-202ENST00000375669 2723 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SNRPC-201ENST00000244520 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PRR23A-201ENST00000383163 801 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DDX39B-AS1-208ENST00000420520 516 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RN7SL288P-201ENST00000490496 291 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CAP2-207ENST00000493172 861 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC022447.5-201ENST00000504817 392 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ERICH5-202ENST00000545282 596 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC013553.1-201ENST00000560906 267 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 SNHG25-202ENST00000582965 278 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC008906.2-201ENST00000606656 474 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ARL16-215ENST00000622299 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ADAMTS9-AS1-216ENST00000626280 882 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TMEM220-202ENST00000455996 1402 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PCDH8P1-201ENST00000428983 2773 ntBASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 DNM1-216ENST00000634267 2909 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PCK2-208ENST00000559250 1804 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 IL1F10-201ENST00000341010 1013 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CHCHD1-202ENST00000372837 1202 ntTSL 2 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LINC00892-203ENST00000454385 686 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 OR2T27-202ENST00000460972 1136 ntAPPRIS P1 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PAX5-210ENST00000520281 969 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC138123.2-203ENST00000552451 653 ntTSL 3 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 KCNN2-201ENST00000264773 2512 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RAPSN-201ENST00000298854 1671 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MPP3-201ENST00000398389 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CISH-202ENST00000443053 2167 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PSMC5-212ENST00000581882 1474 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PRDM1-202ENST00000369091 2612 ntTSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 OXA1L-212ENST00000604262 1571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 THUMPD3-AS1-212ENST00000520447 1809 ntTSL 5 BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 EZH2-202ENST00000350995 2477 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 ZNF395-211ENST00000523202 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.53■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 BLVRA-201ENST00000265523 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LST1-204ENST00000376086 554 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MIR1226-201ENST00000408658 75 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AL512599.1-201ENST00000430724 685 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC114947.1-202ENST00000514136 344 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC023968.2-201ENST00000560593 1049 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PGPEP1-203ENST00000595066 762 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 PLA2G4C-AS1-203ENST00000601950 454 ntTSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC002472.3-201ENST00000640124 621 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 CLEC10A-201ENST00000254868 1797 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NGLY1-207ENST00000428257 2534 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 C1orf198-201ENST00000366663 3858 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 METTL7B-202ENST00000614691 1368 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 IL1RN-202ENST00000354115 1747 ntTSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TMEM138-201ENST00000278826 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RNF114-201ENST00000244061 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TMEM176B-204ENST00000447204 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 TMEM206-201ENST00000261455 2475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MMP9-201ENST00000372330 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AURKB-201ENST00000316199 1254 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 NNAT-202ENST00000346199 1209 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC011450.1-202ENST00000358234 573 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 RNA5SP359-201ENST00000364838 113 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC104961.1-201ENST00000427605 771 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC006122.1-201ENST00000493323 440 ntBASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 AC011676.3-201ENST00000520606 294 ntTSL 5 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 GLIS2-AS1-201ENST00000576080 340 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 FXYD3-204ENST00000603181 758 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 MRPS31P4-202ENST00000613769 583 ntTSL 4 BASIC15.52■□□□□ 0.08
COL6A3P12111 LETMD1-235ENST00000552739 1713 ntTSL 2 BASIC15.52■□□□□ 0.08
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36 ms